黄門様から許しを得たお銀（由美かおる）は、十年ぶりに故郷へと急いでいた。故郷の忍びの里には、祖父の藤林無門（佐野浅夫＝二役）ほか、一門が仲良く暮らしている。だが、大和郡山藩の実権を狙う悪の刺客に里が襲われ、無門は深い傷を負ってしまう。ほどなく、無門を看取ることになったお銀は、涙を怒りに変えて悪に立ち向かっていく。黄門様（佐野浅夫＝二役）の命を受けた助さん（あおい輝彦）格さん（伊吹吾朗）も駆けつけて見事、藩の内紛は解決。お銀は黄門様直筆の巻物を携えて、悪者たちを懲らしめる世直し旅へと旅立つ。

明治初期。西洋化の波と各地の不平士族の反乱で不穏な空気が高まりつつあった。そんな時代のひずみで苦しむ人たちを助けるため、立ち上がったのが元南町奉行・駒井相模守。今は「ご隠居（小林桂樹／佐野浅夫）」と呼ばれる、その人であった。ご隠居は元部下の兵四郎（田辺誠一）やかん八（深沢敦）を伴い、破天荒なやり口で、新生警視庁の川路大警視（近藤正臣）に立ち向かっていく。

ある夜、米河岸で火事がおこり、人々が逃げ惑う中、南町奉行所定町廻り同心の千秋城之介（加山雄三）は怪しい3人の人足たちを追うが、突然現れた浪人たちが斬りかかる。城之介は居合わせた元同心仲間だった浪人・篠原泰之進（辻萬長）の助力で,浪人たちを追い払うが、人足の一人は斬り殺されてしまい、残りの二人にも逃げられてしまう。翌日、居場所を突き止められた人足たちは、通りすがりの子供たちを人質に河原の小屋に立てこもった。城之介は、同心仲間の林田孫兵衛（小林桂樹）、高瀬儀右衛門（近藤洋介）、立木十三郎（名高達郎）、日暮晋作（渡辺篤史）、頼母木肇（潮哲也）等と共に人質解放につとめるが、人質の少年のひとり・小吉が殺され、人足たちも捕り逃がしてしまう。小吉の母・お竜（范文雀）は以前、城之介と泰之進の前で、酔った侍に夫を無礼討ちにされており、そのとき、武士を切った泰之進は奉行所を追われたのだった……。

武州三多摩。喧嘩剣法に明け暮れる土方歳三（栗塚旭）は、ある日、佐絵(小林哲子)と運命的な出会いを果たす。だが、乱世に生きるは剣のみと悟った歳三は、佐絵と別れ、近藤勇（和崎俊也）を押し立て、新選組を組織した。近藤局長、土方副長による活躍は華々しかった。そんな折、沖田総司（石倉英彦）が佐絵から手紙をことづかってきた。彼女はいま勤皇派に属しているという。ほどなく、歳三は佐絵と再会するが……。

坂本竜馬ら海援隊と高杉晋作率いる奇兵隊が、幕府軍15万と真っ向勝負！時代の回天に命を賭けた＜Ronin＞たち！黒船が欲しい―　世界を自由に駆け巡る黒船に魅せられた竜馬たちは、幕末の風雲の中、商人シシ＜志士＞と馬鹿にされながらも
ついに一隻の蒸気船を手に入れる。その頃、長州征伐に向かう15万もの幕府軍は刻々と長州へ迫りつつあった…。竜馬は、高杉晋作率いる奇兵隊とたった一隻のボロ船ユニオン号とともに、巨大な戦艦を擁した幕府軍に立ち向かう！新しい世の幕開けを夢見て命を投げ出した志士たちの青春群像！

浪人の山村只次郎（田原俊彦）は、人殺しの罪を負わされるが、それは奉行所でも裁けない悪人を陰で成敗しようとしている南町奉行所与力・白鳥右京（森次晃嗣）と、その配下のかもめ（南野陽子）、リュウ（俊藤光利）による罠だった……。

伊賀随一の忍術の使い手・葛籠重蔵（中井貴一）は、かつての師匠・下柘植次郎左衛門（山本學）から、太閤秀吉暗殺を命じられる。10年前、伊賀一族は、織田信長によって大量虐殺されたが、その怨念を秀吉に重ねた重蔵は暗殺を引き受ける。そんな重蔵の周りには、謎の女・小萩（鶴田真由）が近づき、そして重蔵を上回る実力を持つ風間五平（上川隆也）が立ちはだかる。また、重蔵への想いを捨てきれない、女忍者・木さる（葉月里緒菜）の姿もあった。重蔵は五平との死力を尽くしての戦いに臨み、さらに襲いかかってきた甲賀忍者も退け、ついに秀吉の居城・伏見城に忍び込むが……。

質素倹約令が発令され、庶民の暮らしが苦しくなってきた天保12年。曲亭馬琴（山崎努）に憧れる戯作者志望で見習い医者の信次郎（大泉洋）は、質素倹約令を野次って騒ぎになり、ほとぼりが冷めるまで、鎌倉にある叔母の源兵衛（樹木希林）が営む柏屋で居候することになる。柏屋は、離縁を求める女たちが駆け込む、幕府公認の縁切寺である東慶寺の御用宿だった。ある日、顔に火ぶくれを持ったじょご（戸田恵梨香）と、足に怪我をしているお吟（満島ひかり）が東慶寺に駆け込んできた……。

時は元禄、五代将軍・徳川綱吉の時代。三代将軍・家光の時代に誕生した男女逆転の世も定着し、美しく聡明な綱吉の才覚によって徳川の治世は最盛期を迎えていた。そんな中、側室候補として京より呼び寄せられた貧しい公家出身の右衛門佐は、自らの野心を実現すべく綱吉に巧みに取り入り、大奥総取締となって権力と富を手にしていくが…。