正義感に燃える北町奉行・榊原主計頭忠之（里見浩太朗）は、世間を騒がせていた義賊・ねずみ小僧次郎吉（風間杜夫）をついにお縄にし、打ち首獄門が決まった。だが、ねずみ小僧の正義感と義侠心を惜しんだ榊原は、お上のために働くことを誓わせ、その罪の全てを許し放免する。榊原は榊夢之介という浪人に扮し、次郎吉、そして小料理屋の女将・おりん（中原理恵）の協力を得て、回船問屋・大和屋の持ち船・回天丸が沈没した事件の捜査を開始する。

日本全国から有名な大泥棒たちが江戸の街に集まってきた。夢之介（里見浩太朗）は、次郎吉（風間杜夫）から、盗賊たちの腕を競い合わせる千両の競りが行われると耳にする。盗賊の元締めが江戸で大仕事を企てているらしい。夢之介は次郎吉たちの協力を得て、元締めの正体を探るが、あと一歩というところで、若年寄りの備前守（佐藤慶）から、探索中止を命じられてしまう。

金座屋敷の御用蔵が焼失した。御金改役の三右衛門（山田吾一）の娘・おみな（野村真美）の婚約者が、自分が付け火をしたと遺書をしたためて自殺し、不始末の責任を取って三右衛門も打ち首となった。所蔵されていた金30万両は猛火で溶けてしまったとされ、事件は幕引きと思われた。だが、北町奉行の同心・八田真四郎（船越栄一郎）が、金座から入れ墨の男が逃げていくのを目撃していた。榊夢之介（里見浩太朗）は、男がゴミ処理のために幕府が江戸湾に作った「鬼ヶ島」へ渡ったことを突き止める。そして今はならず者の巣窟と化した鬼ヶ島へと潜入する。

大奥では、世継に絡んで、側室・お美津の方（本阿弥周子）が寺社奉行・三浦（御木本伸介）と組んで不穏な動きをしていた。榊夢之介（里見浩太朗）は、寺の境内で腕の立つ浪人を集めている女剣士・綾乃（有森也実）に目をつける。そして綾乃は三浦一派に利用されて夢之介暗殺を企てていた。夢之介はおりん（中原理恵）を大奥に潜入させ動きを探っていたが、連絡が途絶えてしまう。次郎吉（風間杜夫）が様子を確かめに大奥へ忍び込むが、おりんは何者かに斬られ、虫の息であった…。

南部藩領にあった烏帽子山を津軽藩が武力で占領した。さらに津軽藩の忍び軍団・早道之者が南部藩主を毒殺、抗争は全面戦争へと発展する。夢之介（里見浩太朗）は、次郎吉（風間杜夫）に事件の真相を探らせるが、そんな中、次郎吉の最愛の妻・お初が早道之者の手にかかり、殺されてしまう。江戸の平和を希求する夢之介と、恋女房を殺され、復讐に燃える次郎吉が悪に対して怒りの鉄槌を下す！

出石藩では、藩主・仙石道之助（黒田隆哉）一派と道之助の叔父である国家老の仙石左京（亀石征一郎）との間で権力争いが繰り広げられていた。その争いは元出石藩士・神谷転（金田賢一）率いる虚無僧と浪人のいざこざとして江戸市中にまで及んだ。だが神谷が左京側の襲撃を受けて傷を負ったことから、夢之介（里見浩太朗）は虚無僧姿となって、左京側の動静を探るが……。