信州は沓掛の時次郎（大川橋蔵）は、下總・取手の貸元（内田稔）に草鞋を脱ぐ。敵対していた一家の生き残りである六ツ田の三蔵（林与一）を斬りにいく手下の百助（山本昌平）、半太郎（丹古母鬼馬二）らの助太刀を頼まれた時次郎は、一宿一飯の義理から、これを受ける。時次郎は、三蔵を斬るが、百助たちは三蔵の女房おきぬ（山本陽子）と息子の太郎吉（加瀬悦孝）までも殺そうとする。時次郎は百助らを撃退、母子を連れて逃げ、山中の小屋に身を隠す。高熱に倒れた時次郎だったが、おきぬの看病で回復し、おきぬの実家がある中津川を目指して共に中山道を旅に出る。途中、峠でふたりと別れた時次郎だったが、追っ手に気づき、とって返す……。

和州郡山藩主・松平忠明（林与一）の御前で、隣家に住む友人で藩剣術指南役の河合甚左衛門（田村高廣）と立会った荒木又右衛門（大川橋蔵）は、その腕を認められ、共に指南役として仕えることになる。ある日、備前岡山で、又右衛門の妻・みね（関根恵子）の弟・渡部源太夫が、甚左衛門の甥・河合又五郎（西田健）に斬殺されるという事件が起きる。岡山藩主・池田忠雄は幕府に、江戸へ逃げ旗本の安藤家に匿われた又五郎の引渡しを要求するが、安藤家はこれを拒否、外様大名と旗本の争いになる。みねの弟で源太夫の兄である渡部数馬（志垣太郎）は仇討ちの助勢を願うが、又右衛門は、兄が弟の仇を討つことは禁じられていると諭す。だが、安藤家の罠により、みねの父が斬殺されたことで、又右衛門も仇討ちを決意する。一方、甚左衛門も甥である又五郎の護衛をすることになる……。

伊豆下田。由緒ある網元・大鍋一家は、新興の帆立一家に漁場の縄張りを狙われ、再三の嫌がらせを受けていた。大鍋一家の小頭・銀平（大川橋蔵）は、相談役の五兵衛（織本順吉）の一人娘・お市（坂口良子）と恋仲だったが、五兵衛から、お市を銀平の弟分・卯之吉（近藤正臣）と一緒にさせるつもりだと聞かされる。ついに大鍋一家と帆立一家は喧嘩となり、銀平は帆立一家の代貸・多治郎（片桐竜次）を斬り、卯之吉にお市を託して、凶状旅に出る。五年後、旅先で、大鍋一家の親分が死に、帆立一家がのさばっていることを聞いた銀平は、下田へ向かう……。