伊能忠敬（加藤剛）は、地球の大きさを割り出すために、子午線一度の正しい値を出す世界で初めての人間になりたいという長年の夢を抱いて、56歳にして次男の秀蔵（加藤大治郎）らと共に、蝦夷地へ測量の旅に出る……。

三国嶽のふもとの琴弾谷に、夜叉ヶ池の伝説の調査に来た学者の山沢（山﨑努）は、迷いこんだ池のほとりで、息を呑むほど美しい女性と出会う。 百合（坂東玉三郎）というその女性は、夫と二人で鐘楼守をしているという。 家に招かれた山沢は、かつての親友で、夜叉ヶ池の調査に出たまま帰らぬ晃（加藤剛）が百合の夫であることを知り驚愕する。 夜叉ヶ池には竜神が封じ込められていて、一日に三度鐘を撞かなければ竜神が再び暴れて洪水を引き起こし、村が流されてしまうため、鐘楼守をすることになったのだという。 しかし、ある出来事がきっかけとなり、平穏な日々が破られることになるのだった――。

剣一筋に生きる武芸者・秋山大治郎（加藤剛）は、ある夜三人組の辻斬りに襲われた。三人は、幕府の重鎮お目付衆・永井十太夫（武内亨）の息子・右京（伊藤高）とその家来だった。翌日、見知らぬ侍が大治郎を訪ね、ある人物の両腕の骨を折ってほしいと五十両を差し出す。大治郎は断るが、小兵衛が調べてみると、永井家と老中・田沼意次（小沢栄太郎）の隠し子・三冬の縁組みが絡んでいることが分かり…。

女が何者かに襲われたところに居合わせた佐々木三冬（新井春美）は、その女から革袋を預かる。その中身は、南蛮渡来の麝香[じゃこう]だった。秋山大治郎（加藤剛）は、密貿易と関わりがあるとにらみ、小兵衛（中村又五郎）を通し岡っ引きの弥七（近藤洋介）に探索を頼む。しかし革袋が、抜け荷一味が取引に使う割り符だったため、三冬は一味にさらわれてしまう。拷問にかけられ、三冬は革袋の行方を吐かされようとしていた…。

老中・田沼意次全盛時代。無名の剣客・秋山大治郎（加藤剛）が修行の旅より江戸へ戻ってきた。大治郎は父・小兵衛（山形勲）と12年ぶりの再会を果たす。小兵衛は江戸でその名を知られた無外流の達人だったが、今は道場を閉めて、悠々自適の生活を送り、親子ほども歳の違うおはる（梶三和子）を妻にしていた。剣の道一筋の息子・大治郎と、人生を達観した父・小兵衛。同じ剣客でありながらも異なる人生を歩む父子の前に立ちはだかる事件の数々を、二人はどう解決するのか？

会津松平藩主・松平正容の側室・おいちの方（渡辺典子）は、次男・容貞の生母にもかかわらず、家臣・笹原伊三郎（加藤剛）の長男・与五郎（船越栄一郎）に下げ与えられることになった。父・伊三郎は藩中に知られた剣の達人だったが、笹原家に婿養子に入って以来、勝気な家付き娘の妻に頭が上がらず、息子・与五郎だけは幸せにと願っていた。それだけに拝領の話など酷だと思った。しかし与五郎は、おいちが城に上がる前からひそかな恋心をいだいており、伊三郎の慈しみと与五郎の愛情によっておいちも幸せな日々を送っていた。そんなある日、藩主の嫡子が急死、次男・容貞が世継ぎに決まり、再びお市を返上せよとの君命が下る。

弟を殺された渡辺数馬（大橋吾郎）が、仇の河合又五郎（岡野進一郎）を討つに至る話は、大名と旗本の面子をかけた対立と抗争にまで発展する。命をかけて闘うことになった荒木又右衛門（加藤剛）と桜井半兵衛（奥田瑛二）を中心に、大和郡山藩士・河合甚左衛門（細川俊之）を加えた３人の武士とその妻たちの目を通して、封建社会で誠実に生きようとした武士たちの、仇討ちの悲劇を浮き彫りにする。