慶長五年九月。関ヶ原の戦で負けた豊臣方の雑兵、作州宮本村の郷士の新免武蔵（中村錦之助）は怪我を負った本位田又八（木村功）を連れて、残党狩りから逃げているところを、死骸の持ち物を剥ぎ歩く野伏りの女・朱実（丘さとみ）に出会い、その母・お甲（木暮実千代）と二人暮らしの家に匿われる。故郷に許嫁のお通（入江若葉）を残してきた又八は、戦に誘った武蔵に不満をぶつけるが、やがて怪我の治療をしてくれたお甲と情を通じてしまう。そんなある日、家が野武士の一団に襲われるが、武蔵は野武士たちを次々に打ち倒し、馬で逃げた野武士の頭領を追いかけ、棒で撲殺する。しかし、家に戻ると、お甲たちは武蔵一人を置き去りにして逃げたあとだった。武蔵は、又八の母・お杉（浪花千栄子）に謝るために村に戻るが、すでに国境の関所を破った武蔵を捕まえるため、役人たちが待ち受けていた……。

白鷺城の天守閣・暗黒蔵に幽閉された3年間、兵法書を読み、精神修行をした武蔵(たけぞう)は、ようやく宗彭沢庵（三國連太郎）に解放され、城主・池田輝政（佐々木孝丸）からの仕官の勧めを断り、名を宮本武蔵(むさし)と改め、武者修行のため、城を出る。武蔵を待ち続けていたお通（入江若葉）と再会した武蔵だったが、同行を願うお通を置き去りにして旅立った。やがて、京の吉岡道場で門弟たちを、奈良の槍で名高い宝蔵院で、高弟の法師・阿厳（山本麟一）を打ち倒した武蔵を、復讐に燃える吉岡清十郎（江原真二郎）や僧兵たち、浪人たちがつけ狙う……。

武者修行の旅をする宮本武蔵（中村錦之助）は、柳生石舟斎（薄田研二）との手合わせを求めて柳生の里に入ったが、城太郎（竹内満）が柳生の愛犬を殺してしまったことから柳生四高弟と斬り合いとなり、二刀流に開眼する。そこに流れてきたお通の笛の音に動揺し、さらに石舟斎の住処にいたお通の姿を見かけ、驚いて城太郎を置き去りにしてしまう。その頃、佐々木小次郎（高倉健）は、京に向かう船の上で､吉岡道場の高弟・祇園藤次（南廣）と一悶着を起こしていた。京では、吉岡清十郎（江原真二郎）の元に武蔵からの果たし状が届く…。