長七郎は、中国拳法を使う覆面の男たちに襲われている男女を救った。この二人、明国の大将軍・鄭成功（木之元亮）とその妻・愛蘭（ジュディ・オング）で、清国に侵略されている故国を救おうと、九州の松浦に隠してある明の軍用金五十万両を運びにきたのだ。二人を襲ったのは、五十万両を横取りしようと企む清国の王泰順（小池朝雄）の一味。故国を思う二人の人柄に打たれた長七郎は松浦目指して旅立つ…。

これまで不本意ながら斬った人々の菩提を弔うため、市（勝新太郎）は四国に向かう。船中では因縁をつけてきたスリを居合いでこらしめた。四国に着いた市は、馬に乗った栄五郎と名乗る男（井川比佐志）に襲われるが、これを斬り殺す。市が栄五郎の馬に導かれて、辿りついた村の家で、娘（安田道代）に斬りつけらるが、よけずにわざと斬られた。お吉という娘は、栄五郎の妹だった。お吉は後悔して、市の傷の手当てをし、事情を話す。栄五郎は、馬喰稼業のやくざ・藤八（山形勲）に、借金の帳消しを条件に市を斬るよう、けしかけられたのだった。藤八は村の土地を狙っており、栄五郎が邪魔だったのだ。栄五郎からの連絡が途絶えてやって来た藤八は、お吉の後見人を名乗る市を、庄屋の権兵衛（三島雅夫）のところに連れて行った。老獪な権兵衛は、藤八が主張する土地問題を受け流した。次の夜、藤八の家に出向いた市は、藤八の弓と居合いの勝負をして、栄五郎の香典として30両をせしめる。その帰途で、追ってきた藤八の子分たちに襲われるが、これを斬り倒した。村人たちは藤八らの暴力に抗うこともなく、権兵衛にいたっては、藤八と市を戦わせ、市が勝てばもうけもの、という狡い考えだった。ついに藤八一家が村を襲ってくるが、市は孤立無援だった……。

「この眉間に冴える三日月形、天下御免の向う傷。人呼んで旗本退屈男」の直参旗本早乙女主水之介（北大路欣也）は、退屈しのぎと言っては事件の謎を追って、日本各地へ足を延ばし、悪党どもを退治する……。