浪人・山崎蒸（市川雷蔵）は恋人・志満（藤村志保）の反対を押しのけて新選組へ入った。その頃、局長・芹沢鴨（田崎潤）の乱暴な振る舞いを見かねた土方歳三（天知茂）は、芹沢の腹心・新見錦（須賀不二男）を切腹させ、さらにある夜、自ら沖田総司（松本錦四郎）らを伴って、愛人たちと泥酔して寝込んだ芹沢を襲って惨殺した。蒸は土方の策謀に反発し、これを黙認していた近藤勇（城健三朗（若山富三郎））をもなじった。近藤は蒸の言葉を受け入れるが、土方は彼の純粋さを危険視する。そんなある日、燕は誤って公儀役人を斬ってしまう……。

幕末の京都。血気盛んな男たちの集団―新選組―にひとりの美少年が入隊する。彼の妖しいまでの美貌をめぐって、男たちの中を駆け巡る嫉妬とうわさ、そして憶測。「局中法度」「軍中法度」という厳しい戒律の下、抗争と殺戮に明け暮れていた新選組が、狂気を帯びた混乱に陥っていく…。

幕末の京都で得意絶頂だった新選組に盛岡の南部藩を脱藩してきた吉村貫一郎（中井貴一）が入隊した。剣の腕前に誰もが一目置いていたが、吉村は金銭へのこだわりが強いため周囲の失笑を買っていた。彼は南部藩に残してきた家族に仕送りをするために京都までやってきたのであった。新選組隊員斎藤一（佐藤浩市）はそんな吉村を目の敵にしていた。やがて新選組は崩壊への道を辿り始める…。