時は戦国時代末期。ついに天下取りを果たした徳川家康は、自らの命を狙った真田の残党・猿飛忍群に恐れを抱き、彼らの抹殺を命じる。真田に仕えていた忍の生き残りである大猿大助も命を狙われ、その妻は自らを犠牲にしながらも幼い息子の命を救う。サスケは父・大猿から様々な忍術や忍の心得を学び、襲い来る刺客を倒しながら放浪の旅を続け、成長を遂げていく。

掟に縛られる忍者の世界を嫌い、抜け忍となったカムイ。必殺忍法の飯綱落としや変移抜刀霞斬りを武器に、迫りくる追っ手と死闘を繰り広げて終わりのない逃亡の旅を続ける。誰も信用できない孤独なカムイは、安息の日々を手に入れることができるのか…。