幕末から突如、現代へタイムスリップしてやってきた、ちょんまげのサムライ、武市半平太。いきなり、150年後の世界に放り出され、あてもなくさまよい続ける半平太だったが、ひょんなことから学習塾を営む老人・佐伯に助けられ居候することに。文武両道、実直な人柄を見込まれた半平太は、佐伯の学習塾で子どもたちに勉強を教え始める。幕末と現代のカルチャーギャップと、天真爛漫な子どもたちに手を焼きながらも、やがて心を通わせてゆく。幕末に残してきた愛する妻・冨や、弟子たちへの思いに後ろ髪引かれつつ、なんとか現代の生活になじんできたある日、楢崎海太郎と名乗るジャーナリストが半平太を訪ねてやってくる。実は楢崎の正体は・・・？！

未来に存在するタイムスクープ社。タイムワープ技術を駆使し、あらゆる時代に時空ジャーナリストを派遣。人間の営みを映像で記録アーカイブしている。その会社に所属する沢嶋雄一（要潤）は、「タイムスクープハンター」として活躍し、毎回さまざまな職業や現象を調査している。今回の任務は、日本歴史上最大のミステリー、「織田信長の城・安土城焼失の謎を追え！」。本能寺の変直後の京都にタイムワープした沢嶋が、織田信長の天下統一の拠点となりながらも、完成からわずか3年で焼失したとされる幻の名城・安土城の謎を解き明かす。