幕末の江戸。
大川端に建つ旅籠「かわせみ」の女主人・るいは、恋仲だった東吾と晴れて結ばれ、一人娘の千春を育てながら満ち足りた暮らしを送っていた。しかし、東吾は戊辰戦争で海難事故に遭い、行方不明となってしまう。

時は流れて明治。
以前と変わらぬたたずまいのかわせみでは、るいが東吾の帰りを待ち続ける日々を送っていた。
ある雨の晩のこと。路上で通りかかった医師の麻太郎と親友の源太郎が深傷を負った若者をかわせみに担ぎ込んでくる。

るいと千春の献身的な看病により、若者は一命を取りとめるが、次第にかわせみの周辺に不審な男たちが現れ、不穏な空気が漂いはじめる。やがて、若者は６年前に殺された父の仇を討つために下手人を追っていた経緯を語り出す。

６年前のその事件を町奉行所定廻り同心として追っていたのは、源太郎の父であり東吾の盟友・源三郎だった。
しかし、捜査の途中で刺客に襲われ非業の死を遂げていた。
源三郎の死の謎を追う源太郎と麻太郎、そして父の仇を狙う若者の動きは、隠されていた事件の闇に向けて交錯しはじめる。一方、東吾の消息を聞き及んだるいの心は揺れはじめる。