江戸の下町に診療所を構える蘭方医・相良淳道（藤田まこと）は、かつて道場一の剣の使い手と言われた武士だったが、藩の実権争いに巻き込まれて悩んだ末、武士の身分を捨て、長崎へ旅立った。そして、二度と剣を抜かないことを条件にシーボルトらに医学を学び、江戸へ戻ってきたのだった。淳道は、貧しい人々のためにつくすが、そのため診療所は火の車だ。そんな淳道だったが、どうしても許せぬ悪に出会った時は、剣の封印を解き、親友の御家人・勝小吉（田村亮）と共に悪人たちを成敗するのであった……。

江戸の下町に診療所を構える蘭方医・相良淳道（藤田まこと）は、かつて道場一の剣の使い手と言われた武士だったが、藩の実権争いに巻き込まれて悩んだ末、武士の身分を捨て、長崎へ旅立った。そして、二度と剣を抜かないことを条件にシーボルトらに医学を学び、江戸へ戻ってきたのだった。淳道は、弟子の小林藤次（錦織一清）やおみつ（水野美紀）の手を借りて貧しい人々のためにつくすが、そのため診療所は火の車で、同居する母・ぎん（南美江）からは医者になったことを悲しまれていた。そんな淳道だったが、どうしても許せぬ悪に出会った時は、剣の封印を解き、親友の御家人・勝小吉（田村亮）と共に悪人たちを成敗するのであった……。

かつては道場で師範代を務めるほどの腕前の御家人だった町医者の河合順庵（藤田まこと）は、その口癖から「手遅れ先生」と呼ばれているが、腕は確かで人々からの信頼も厚い人情味溢れる男だ。順庵の診療所には、友人の岡っ引・吉松親分（内藤剛志）が死因に不審を抱いた死体を運び込んでくる。江戸の検屍官でもある順庵は、物言わぬ死体が語りかけてくる理不尽に殺された嘆きを聞いた時、もうひとつの顔を現す。町奉行所も手を出せない悪の権力に、独り敢然と立ち向かっていく順庵は、人々の恨みを晴らす前にこうつぶやく。「お前さんはもう手遅れだ」と……。