応仁の乱以後、世の秩序は倒壊し、群雄割拠の戦国時代は誰もが天下制覇の夢を見ていた。この乱世は、そこに生きるすべての人間に機会と可能性を与えたのだった。斎藤道三（平幹二朗）は一介の浪人から身を起こし、油商奈良屋を乗っ取ると、持ち前の才如で美濃を掌中に収め、天下取りの野望を燃やす。しかし、道三は子の義龍との戦いに敗れ、志半ばにして死んでしまう。天下制覇の夢は織田信長（高橋英樹）と明智光秀（近藤正臣）という二人のまな弟子に受け継がれた。

「美濃を制すものは天下を制す」と道三に言わせた美濃を手中にした信長（高橋英樹）は天下統一に向け、邁進する。木下藤吉郎（羽柴秀吉＝火野正平）は信長に「さる」と呼ばれてかわいがられ、武勲により戦の度に出世していく。一方、将軍足利義昭の擁立がもとで信長の重臣となっていた光秀（近藤正臣）だが、過酷なまでの服従を強いる信長に対して次第に不満の念を高めていく。そして中国出陣に成功したあかつきには二国を与えるが現在の領地は没収するという信長の命を受け、事実上の無禄となった光秀の憎悪はついに爆発し、本能寺で信長を討つ。しかし、その光秀もすぐに秀吉に敗れ、ここに乱世のひとつの時代が終焉を迎えるのだった。

時は、江戸期も爛熟した文化文政時代。仕置人たちは、大元締の虎（藤村富美男・元阪神タイガース）率いる「寅の会」なる闇の組織に属し、厳しい掟と規律による緊迫感の中で仕切られ、句会形式で殺しの仕事を競り落としていた。ある日、「寅の会」で、仕置きの標的として中村主水（藤田まこと）の名が詠み上げられた。それを知った念仏の鉄（山崎努）は、「寅の会」への裏切りを承知で以前仲間だった主水に危機を伝える。一度は、裏稼業から足を洗った主水だったが、過去、闇の仕事に手を染めたものに幸せなどつかめないことを知り、再び仕置人の世界へ戻っていくのだった・・・。

狩谷新八郎は下積みの下馬廻り同心だったが、同心殺人事件の手柄で、腕の立つところを認められ、花形同心といわれる定町廻り同心に抜擢される。この狩谷同心がそもそもなぜ父親より格下の下馬廻り同心だったのか。探索はどのように進んでゆくのか。新八郎に思いを寄せる女性とは・・・。

北町奉行所の若手同心・狩谷新八郎（役所広司）は様々な事件に遭遇するが、持ち前の才能を生かし同心仲間・虎之助（火野正平）らと共にあらゆる難問を解決していく。

三代将軍・家光の治世。家光と将軍の座を争って命を失った駿河大納言忠長の忘れ形見・松平長七郎長頼は、一介の素浪人・速水長三郎として、江戸の口入れ屋"浪花屋"に暮らしていた。二代将軍・秀忠が生前、長男・家光よりも次男・忠長を溺愛したことから、天下を揺るがす御家騒動が起こった。家光は将軍となった後もそのことで執拗に忠長を追い詰め、やがて自害に追い込む。しかし、その息子・長七郎まで殺すにはしのびなく、大名に取り立てようとする。長七郎は自らも同じような運命を辿ることを避け、お側去らず（＝忠臣）の三宅宅兵衛（下川辰平）とともに野に下ったのであった。高貴な生まれと波乱万丈の生い立ちのため、市井に身を置いても平穏に暮らすことはままならないが、南町奉行所の同心・青目慎太郎（国広富之）とともに世の悪に敢然と立ち向かう長七郎。いよいよ対決の時となると、葵の御紋入りの着物で颯爽と登場し、柳生新陰流免許皆伝の剣で悪者を成敗する。