江戸市中の秩序を秘密裏に護る武家番所「三十六番所」で二代目頭取を務めることとなった花房出雲（中村吉右衛門）。「疑わしきは斬らず」を信条とする出雲は、慎重の上にも慎重を期して事件の真相を突き止める。だが、一度、悪事を突き止めれば、出雲とは兄弟同然に育った大目付の浅倉丹波（橋幸夫）、配下の関大助（長門勇）らと共に、寺社管轄、大名屋敷への踏み込みなど武家番所に許された特権を駆使して、悪人どもを容赦なく斬って捨てる。