用人・笹尾喜内（堺正章）が止めるのも聞かず、単身長崎の地へ足を踏み入れた主水之介は、旧知の長崎奉行所同心・金子周助（左右田一平）の娘・絹江（古手川祐子）と出会う。周助が公金横領の罪で捕えられているらしいとの情報を得た主水之介は奉行所へ乗り込もうとするが、江戸から来た勘定奉行・荻原重泰（亀石征一郎）が主水之介の行動を阻もうとする。

薩摩藩江戸家老が幕閣の要人と手を組み幕府転覆を企てるが、大目付・内藤山城守は、謀反の誓紙を発見できず、責任を取り自害して果てた。山城守と昵懇であった早乙女主水之介（北大路欣也）の退屈の虫が騒ぎ出す。将軍・綱吉（長門裕之）に目通りを願い、薩摩行きを承諾させた主水之介は、用人・笹尾喜内（堺正章）と亡き山城守の妹・静絵（藤真利子）と共に旅立つが、道中、山伏の集団に襲われる。乱闘の末、山伏を退けた主水之介であったが喜内、静絵とは離れ離れになってしまう。その後、主水之介は謎の女・お蓮（かとうかずこ）と出会い、彼女の手引きで薩摩入りを果たすが……。

「この眉間に冴える三日月形、天下御免の向う傷。人呼んで旗本退屈男」の直参旗本早乙女主水之介（北大路欣也）は、退屈しのぎと言っては事件の謎を追って、日本各地へ足を延ばし、悪党どもを退治する……。