家康の江戸開幕から20有余年、徳川永久政権を確立できるか否かの重要な時期に、三代将軍・家光は無事将軍宣下の儀式を終え門出を迎えた。そんな折りに、江戸城大広間に一枚の紙が張り出された。“武芸帳の秘密が公になれば、葵も一夜にして枯れる”……。たちまち武芸帳こと柳生武芸帳に幕府の存亡にかかわる陰謀が隠されているとの噂が流れた。そして、武芸帳を狙う謎の一団と柳生家の戦いの幕が切って落とされる──。

徳川家光が三代将軍を宣下して７年、幕府は新たに参勤交代制を全国諸大名に布告、加えて外様の取り潰しを強化した。当然外様大名たちの反発は強く、薩摩藩主・島津義弘は苦言を憚らなかった。そして島津は、かつて家康の極秘指令で但馬の父・柳生石舟斉がまとめた柳生武芸帳こそ外様潰しの元凶と断定し、その破棄を迫った。幕府はその要求を突っぱねるが、まもなく柳生武芸帳を狙う動きは活発化する。その手は大奥に広がり……。

謎の死を遂げた高仁親王の法要の場に一人の浪人が侵入し、“自分が親王を殺した、証拠は柳生武芸帳菊の巻”と言い残して自刃した。その言葉をきっかけに幕府転覆を狙う公卿などが結集し、行方の知れない柳生武芸帳を狙う。果たして武芸帳の行方、そして高仁親王の死の真相は……？

柳生十兵衛（松方弘樹）は、父・宗矩（萬屋錦之介）から、鳥取池田家が旧知の友人・荒木又右衛門（若林豪）を召し抱えたことを聞かされる。隠し銀山の噂もある鳥取に十兵衛は身分を隠し潜入するが、藩の実権はヤマ師あがりの黒岩刑部（西田健）が握っていることが発覚、刑部一派の悪だくみが次々と明らかになる。しかし、隠し銀山の秘密を探る最中に十兵衛は刑部の罠にかかり囚われてしまい……。

家康法要の大名側名代を伊達政宗（田村高廣）に依頼するため、仙台に向かっていた柳生宗矩（萬屋錦之介）が伊達藩内に入って程なく失踪するという事件が起きる。十兵衛（松方弘樹）は松平伊豆守（あおい輝彦）の命を受け、すぐさま伊達藩に出発する。女スリ・おれん（斉藤慶子）、謎のニセ十兵衛（石立鉄男）らと連れ立って藩領内に入った十兵衛は、土地の子供の話から宗矩の居場所を察知するが……。