享保年間、「犯さず、殺さず、貧しき者からは奪わず」の三ヶ条を守り、江戸から上方まで縦横無尽に盗み働きをする神出鬼没の大盗賊がいた。町の者から陰口を言われるような強欲な金持ちから大金を奪い、盗みの後は雲か霧のように消えてしまうことから、人呼んで雲霧一党。その首領は仁左衛門（山崎努）。配下には、武士の主従関係にも似た心の絆で結ばれた小頭・木鼠の吉五郎（石橋蓮司）、大奥の女中からおぼこ娘まで自在に化ける七化けのお千代（池上季実子）などがいる。度重なる一党の犯行に、火付盗賊改方長官が辞任、新長官にキレ者の安部式部（中村敦夫）が就任した。大盗賊・雲霧仁左衛門と、雲霧の召し捕りに執念を燃やす火付盗賊改方長官・安部式部の間で繰り広げられる緊迫感溢れる頭脳戦の結果は…。

名門の家柄だが、無役で微禄・最下級の御家人である松平残九郎"通称：斬九郎"（渡辺謙）は、用心棒から首斬りまで数々の裏稼業を請け負いながら、グルメな母親・麻佐女（岸田今日子）を養う身であった。母には頭が上がらず、気っ風の良い深川芸者の蔦吉（若村麻由美）とは相思相愛の間柄ながらも今一歩進展しない斬九郎だが、弱い者や正しい者には味方となり、豪快な太刀さばきで悪を討つ！

時の老中・松平定信の命により、旗本寄合席・内藤勘解由（中村竹弥）が、八百八町に潜む悪に向けて放った隠密同心たち――彼らが潜入やおとり捜査など様々な手段を使い、悪に立ち向かっていく。

座頭市（勝新太郎）は、天保時代の盲目の侠客で居合いの達人、通常は、揉み療治を渡世として関八州を歩く。博打もすれば女も好むが、己の信条により非道を行う者には怒りの仕込み杖が唸る。

江戸は深川の貧乏長屋を舞台に、老いた侍の死から始まる。腹を切ろうにも、生活のために刀は既に無く首を吊ったのであった。この長屋には、女房・おたきと二人で暮らすもう一人の侍・海野又十郎がいた。彼もまた浪人。女房に紙風船張りの手内職をさせて、毎日唯一の頼みの人を追って歩き回り、何とか仕官の道をと気弱に頼みつづける、追い詰められた身の上である。長屋の者は皆一様にかつかつの生活をしている。そんななか、髪結いの新三は向こうっ気が強く、土地のヤクザ弥太五郎の源七への面当てに白子屋の娘を誘拐する。新三はまんまと源七の鼻を明かし、結果的に金までせしめるが、そんなこととは知らず、又十郎は片棒を担がされてしまった。新三はせしめた金で長屋の者たちに酒を振舞ったその夜、源七に呼び出されでかけてゆく・・・同じ夜、又十郎の仕官の道が絶たれたことを知り、さらに新三の片棒など担いだ夫に絶望したおたきは、夫を刺し、翌朝若い侍の夫婦の心中が発見されるのだった・・・

飯岡助五郎一家と笹川繁蔵一家の争いは一触触発の状況を迎えていた。争いを避け我慢を重ねる繁蔵だったが、非道の限りを尽くす助五郎一家のあまりの仕打ちに、遂に決戦を決意する。そこに、繁蔵に身を寄せる病床の浪人・平手造酒(大友柳太朗)や、義理と人情の板挟みに苦しむ助五郎の子分・政吉(中村錦之助)らの運命が重なってゆく…。

徳川の幕藩体制も整い、太平の世となった万治3年(1660年)。奥州仙台の伊達家藩主・伊達綱宗に突然蟄居の命が下る。これを皮切りに、藩内で権勢を振るう伊達兵部、兵部と対立する伊達安芸、そして伊達藩の取潰しを目論む幕府と様々な思惑と陰謀が交錯。伊達家62万石の危機を察知した家老の原田甲斐宗輔は、御家のため奔走するが…。