長谷川平蔵は本所界隈を見廻り中に、若かりし頃の道場仲間で親友の岸井左馬之助、本所の無頼者・相模の彦十と再会する。左馬之助から、かつて二人が憧れた娘・おふさが嫁ぎ先を離縁され、悪御家人の御新造になっていると知らされる。彦十がその御家人の身辺を探ると、平蔵、左馬之助の青春時代の恩師に繋がる因縁と悪事が明らかになる。

時は幕末。京都にてその名を轟かせた新選組。 表舞台で華々しく活躍する彼らの中には、裏に隠されたもう一つの隊があった。その名も。 「新選組零番隊」 人を斬ることに戸惑い、疲れ果てた彼らは、ある戦を機に戦いを辞める決意をする。 もう二度と人を斬ることはないと...。 そんな時、一人の女と出会い、紅き谷と呼ばれる地にて薄紅色の桜を見ようと約束する。そして彼らの心は次第に癒されていった。 やつらが来るまでは... 幕末という激動の時代の中、人斬りとしての宿命と対峙した男たちの物語。

ある夜、薄暗い社殿で密議をこらしていた井坂伊織（加山雄三）、寺田文治（平田昭彦）、保川邦衛（田中邦衛）ら９人の若侍。井坂は、汚職している次席家老や国許用人粛正の訴えは、城代家老の睦田（伊藤雄之助）には相手にされなかったが、大目付の菊井（清水将夫）には、わかってもらえたことを告げ、皆意気上がる。そこに社殿の奥から浪人（三船敏郎）が現れ、大目付こそ黒幕かもしれないと言う。浪人がにらんだとおり、すでに社殿は大目付の手勢に取り囲まれていた。はやる若侍たちを隠れさせ、次々に手勢を叩き伏せて、引き揚げさせた浪人は、信念を貫こうとする彼らに同情し、味方となる……。

ベテラン大部屋俳優の香美山清一（福本清三）は、時代劇減少で出番が減り、映画パークのチャンバラショーに出演するようになった。そんなある日、新人女優の伊賀さつき（山本千尋）から殺陣の指導を請われる……。京都太秦の日映撮影所に所属するベテラン大部屋俳優の香美山清一は、時代劇の斬られ役を長年務め、テレビ時代劇『江戸桜風雲録』の主演俳優・尾上清十郎（松方弘樹）からも信頼されてきた。しかし、時代劇が減少、頼みの『江戸桜風雲録』も終了となり、出番の減った香美山は日映太秦映画パークのチャンバラショーに出るようになった。撮影所に出入りするようになった新人女優の伊賀さつきは、そんな状況でも稽古を欠かさない香美山の姿勢に惹かれ、殺陣の稽古を請う。古い時代劇を否定する川島明彦（合田雅吏）プロデューサーが仕切る新感覚の時代劇『ODANOBU』にヒロインの殺陣の吹き替えとして出演することになったさつきは、ヒロイン女優の降板により、ヒロイン役に抜擢される。これをきっかけにさつきはスターへの階段を上りはじめるが、香美山は映像作品への復帰もままならず、腕のしびれなどの肉体の衰えもあり、引退を決意する……。