長谷川平蔵は本所界隈を見廻り中に、若かりし頃の道場仲間で親友の岸井左馬之助、本所の無頼者・相模の彦十と再会する。左馬之助から、かつて二人が憧れた娘・おふさが嫁ぎ先を離縁され、悪御家人の御新造になっていると知らされる。彦十がその御家人の身辺を探ると、平蔵、左馬之助の青春時代の恩師に繋がる因縁と悪事が明らかになる。

時は幕末。京都にてその名を轟かせた新選組。 表舞台で華々しく活躍する彼らの中には、裏に隠されたもう一つの隊があった。その名も。 「新選組零番隊」 人を斬ることに戸惑い、疲れ果てた彼らは、ある戦を機に戦いを辞める決意をする。 もう二度と人を斬ることはないと...。 そんな時、一人の女と出会い、紅き谷と呼ばれる地にて薄紅色の桜を見ようと約束する。そして彼らの心は次第に癒されていった。 やつらが来るまでは... 幕末という激動の時代の中、人斬りとしての宿命と対峙した男たちの物語。

ある夜、薄暗い社殿で密議をこらしていた井坂伊織（加山雄三）、寺田文治（平田昭彦）、保川邦衛（田中邦衛）ら９人の若侍。井坂は、汚職している次席家老や国許用人粛正の訴えは、城代家老の睦田（伊藤雄之助）には相手にされなかったが、大目付の菊井（清水将夫）には、わかってもらえたことを告げ、皆意気上がる。そこに社殿の奥から浪人（三船敏郎）が現れ、大目付こそ黒幕かもしれないと言う。浪人がにらんだとおり、すでに社殿は大目付の手勢に取り囲まれていた。はやる若侍たちを隠れさせ、次々に手勢を叩き伏せて、引き揚げさせた浪人は、信念を貫こうとする彼らに同情し、味方となる……。

ベテラン大部屋俳優の香美山清一（福本清三）は、時代劇減少で出番が減り、映画パークのチャンバラショーに出演するようになった。そんなある日、新人女優の伊賀さつき（山本千尋）から殺陣の指導を請われる……。京都太秦の日映撮影所に所属するベテラン大部屋俳優の香美山清一は、時代劇の斬られ役を長年務め、テレビ時代劇『江戸桜風雲録』の主演俳優・尾上清十郎（松方弘樹）からも信頼されてきた。しかし、時代劇が減少、頼みの『江戸桜風雲録』も終了となり、出番の減った香美山は日映太秦映画パークのチャンバラショーに出るようになった。撮影所に出入りするようになった新人女優の伊賀さつきは、そんな状況でも稽古を欠かさない香美山の姿勢に惹かれ、殺陣の稽古を請う。古い時代劇を否定する川島明彦（合田雅吏）プロデューサーが仕切る新感覚の時代劇『ODANOBU』にヒロインの殺陣の吹き替えとして出演することになったさつきは、ヒロイン女優の降板により、ヒロイン役に抜擢される。これをきっかけにさつきはスターへの階段を上りはじめるが、香美山は映像作品への復帰もままならず、腕のしびれなどの肉体の衰えもあり、引退を決意する……。

――幕末の侍が時代劇撮影所にタイムスリップ！？時は幕末、京の夜。会津藩士高坂新左衛門は暗闇に身を潜めていた。「長州藩士を討て」と家老じきじきの密命である。名乗り合い両者が刃を交えた刹那、落雷が轟いた。やがて眼を覚ますと、そこは現代の時代劇撮影所。新左衛門は行く先々で騒ぎを起こしながら、守ろうとした江戸幕府がとうの昔に滅んだと知り愕然となる。一度は死を覚悟したものの心優しい人々に助けられ、少しずつ元気を取り戻していく。やがて「我が身を立てられるのはこれのみ」と刀を握り締め、新左衛門は磨き上げた剣の腕だけを頼りに「斬られ役」として生きていくため撮影所の門を叩くのであった。

裏稼業から遠ざかっていた中村主水（藤田まこと）だったが、なんでも屋の加代（鮎川いずみ）が闇の会から、奉行殺しという大仕事を引き受けたことから、組紐屋の竜（京本政樹）、鍛冶屋に商売替えした政（村上弘明）とともに、裏の仕事を始めることになる。そして周辺に出没する一匹狼のはぐれ仕事人、壱（柴俊夫）、弐（梅沢富美男）、参（笑福亭鶴瓶）の腕を見込んだ主水は、相手が手ごわい時には、彼らの力を借りて仕事をすることにする……。

三代将軍・家光の治世。家光と将軍の座を争って命を失った駿河大納言忠長の忘れ形見・松平長七郎長頼は、一介の素浪人・速水長三郎として、江戸は両国の一角にある瓦版屋"夢楽堂"に暮らしていた。二代将軍・秀忠が生前、長男・家光よりも次男・忠長を溺愛したことから、天下を揺るがす御家騒動が起こった。家光は将軍となった後もそのことで執拗に忠長を追い詰め、やがて自害に追い込む。しかし、その息子・長七郎まで殺すにはしのびなく、大名に取り立てようとする。長七郎は自らも同じような運命を辿ることを避け、お側去らず（＝忠臣）の三宅宅兵衛（下川辰平）と田村右平次（加藤純平）の二人とともに野に下ったのであった。高貴な生まれと波乱万丈の生い立ちのため、市井に身を置いても平穏に暮らすことはままならないが、鉄火肌のおれん（野川由美子）とその子分・辰三郎（火野正平）ら"夢楽堂"の面々とともに世の悪に敢然と立ち向かう長七郎。いよいよ対決の時となると、葵の御紋入りの着物で颯爽と登場し、柳生新陰流免許皆伝の剣で悪者を成敗する。

まだ戦国の名残が残る、二代将軍・徳川秀忠の治世。幕府の隠密・青山凛ノ介は、北陸の府月藩に潜入していた。気性の激しい藩主・望月甲斐正が幕府への謀反を企てている疑惑があったのだ。そして、その証拠となる書状が筆頭家老・神谷眞三郎の元にあるという情報を掴んだ凛ノ介は、神谷が参列する祭りに出かける。そこで美しい娘・八重と出会う凛ノ介。二人は瞬間的に惹かれ合うが、八重は他ならぬ神谷の娘であった。さらに、隠密仲間の真咲一馬から、八重が不治の病で余命いくばくもないことを知らされる凛ノ介。心を乱しながらも隠密としての使命を全うしようとするが、自分が隠密であることを八重に知られてしまう。同じ頃、凛ノ介の正体を知った人物がもうひとりいた。八重との縁談が進んでいた府月藩士・寺脇甚八郎である。偏執的かつ残忍な性格のこの侍は八重に邪な恋心を抱いており、凛ノ介を挑発。ついに凛ノ介と甚八郎は、殿の前で武芸を競う「御前試合」に参加することになった。だが、その御前試合とは隠密たちを炙り出して公開処刑するため、藩主・甲斐正が企んだ死の宴であった。宿命を背負った剣士たちが集められていく。藩主と同じ性を持つ謎の傾奇者・望月八弥斗、二刀流の冷血漢・流狂四郎、赤目の異形侍・結城蔵人ら、あわせて8人。男たちの宿命が交差する中、八重への恋心を胸にした凛ノ介は何を選び、何を賭けるのか？　必殺剣技・一竜剣鎌風が炸裂するとき、その答えは出る！