徳川二代将軍秀忠の死期が迫るなか、駿河藩家老・今村図書（神山繁）は、世継ぎの家光を追い落とし、家光の弟・駿河大納言忠長を三代将軍の座につけようと画策、西国の外様大名たちから謀反の連判を集めた。その動きを察知した老中・阿部豊後守（西村晃）は、公儀お庭番・伊賀三ノ組組頭・甚伍左（千葉真一）に、秀忠逝去までに駿河城に侵入し、連判状を奪うことを命じる。甚伍左は、娘・梢（伊藤かずえ）の恋人・半四郎（真矢武）ら配下の忍者16人を率いて駿河へ向かうが、城には才賀孫九郎（夏八木勲）率いる根来忍者衆が待ち受けていた……。

老中・土井大炊頭（里見浩太朗）は、将軍の弟であり、暴君として知られる松平斉継（渡辺大）の暗殺を御目付役・島田新左衛門（中村芝翫）に命じた。新左衛門は天下万民のため、信頼できる強者たちを集める。一方、新左衛門の無二の親友・鬼頭半兵衛（高橋克典）はその時、斉継の側用人となっており、斉継暗殺を阻止しようと新左衛門の前に立ちはだかる。砦に改造された宿場町で、十三人の刺客たちと半兵衛たちの死闘が始まった。

和州郡山藩主・松平忠明（林与一）の御前で、隣家に住む友人で藩剣術指南役の河合甚左衛門（田村高廣）と立会った荒木又右衛門（大川橋蔵）は、その腕を認められ、共に指南役として仕えることになる。ある日、備前岡山で、又右衛門の妻・みね（関根恵子）の弟・渡部源太夫が、甚左衛門の甥・河合又五郎（西田健）に斬殺されるという事件が起きる。岡山藩主・池田忠雄は幕府に、江戸へ逃げ旗本の安藤家に匿われた又五郎の引渡しを要求するが、安藤家はこれを拒否、外様大名と旗本の争いになる。みねの弟で源太夫の兄である渡部数馬（志垣太郎）は仇討ちの助勢を願うが、又右衛門は、兄が弟の仇を討つことは禁じられていると諭す。だが、安藤家の罠により、みねの父が斬殺されたことで、又右衛門も仇討ちを決意する。一方、甚左衛門も甥である又五郎の護衛をすることになる……。