元和九年五月十一日、二代将軍・徳川秀忠が江戸城大奥にて死去した。それは死因の謎と共に世継問題をも絡み、大奥をはじめ全国諸藩の大名を巻きこむ波乱の幕開けであった。三代将軍の座は長男・家光（松方弘樹）が継ぐべきはずのものであったが、亡き秀忠は次男・忠長（西郷輝彦）を溺愛、正室・於江与も、また時の天皇後水尾帝の妃となっていた長女・和子も、次期将軍には忠長をと切望しており両派は激しく対立する。凄絶なる政権争いの波紋は、朝廷、天下諸候旗本、百姓にまで広がり、天下にその権力を示さんとする柳生但馬守（萬屋錦之介）の陰謀は、一族存続のため玄信斉（丹波哲郎）との武道の意地を賭けた死斗にはじまり、嫡男・十兵衛（千葉真一）との骨肉の争いへと展開していく。

元禄14年3月14日、早駕篭が「浅野内匠頭長矩は、吉良上野介に対し、場所がらもわきまえず、刃傷に及び不届につき、即刻切腹なり」の報を持って赤穂に向かった。世間を揺るがせた、浅野内匠頭（西郷輝彦）による吉良上野介（金子信雄）への刃傷事件。赤穂城では即刻城中で大評定が行なわれ、篭城、殉死、仇討、解散と話は続いた。そして大石内蔵助（萬屋錦之介）は、お家最後の評定に集まった家臣の者から覚悟の上の誓紙血判を集め、時節到来まで隠忍自重することを約し、ひとまず開城のむねを発表する。そして、そこから大石たち四十七士の戦いが始まる…。

寛永15年。12万の幕府軍によって島原の一揆勢はことごとく惨殺され、若き総大将・天草四郎時貞（沢田研二）もその首をさらされた。その夜、聖なる教えをかなぐり捨て、悪魔の力を自らのものとし、雷鳴と共に黄泉の国から蘇った四郎は、黒魔術で細川ガラシャ（佳那晃子）の霊を呼び出し、その肉体を復活させる。宮本武蔵（緒形拳）、宝蔵院胤舜（室田日出男）、伊賀の霧丸（真田広之）ら稀代の兵法家たちも理由は様々だが、自分のやりたいことをするために蘇り"魔界衆"に加わってきた。四郎は、細川ガラシャの霊が乗り移ったお玉を大奥に送り込み、お玉の色香に溺れた家綱を意のままに操り始める。一方、魔人たちは、天下一の剣術家を倒すべく、諸国修行の旅を続ける柳生十兵衛（千葉真一）に次々と襲いかかる。そして、死闘の果てに魔人たちを倒した十兵衛の前に、死んだはずの父・柳生但馬守宗矩（若山富三郎）が現れた…。