尊王攘夷、倒幕に揺れる激動の幕末。緒方洪庵（宇野重吉）の適塾に入門した村田蔵六（後の大村益次郎＝中村梅之助）は塾頭として将来を期待されていたが、故郷の村医者になる道を選び、嫁を迎えて平和な日々を過ごしていた。そんなある日、宇和島藩への仕官が決まり、黒船と西洋式砲台の製造を手掛けることになる。

小塚原回向院で師・吉田松陰の遺体を引き取りにきた桂小五郎（米倉斉加年）は、人体解剖のため訪れていた村田蔵六（のちの大村益次郎＝中村梅之助）との偶然の出会いに運命的な結びつきを感じ、蔵六を長州藩に迎え入れる決心をする。その頃、馬関海峡で長州藩は米仏艦隊により全滅。この難局を打開するため高杉晋作（中村雅俊）が呼び出された。晋作は四民平等の軍隊である奇兵隊を作る。奇兵隊は次第に力を増していった。

池田屋の変で新選組の襲撃を受けた長州藩は京に報復攻撃を行うが、幕府の兵力に惨敗、長州征伐の勅命が下される。さらに、攘夷を唱える長州に連合艦隊が来襲、近代兵器を前に長州は完敗する。このような状況のもと、長州藩では幕府への謝罪を唱える俗論派が実権を握る

坂本龍馬（夏八木勲）が薩長連合の話を持ち込んでくる。薩摩と長州は不仲であるが、この二大勢力が力を合わせれば倒幕も夢ではない。難航はあったものの桂小五郎（米倉斉加年）はこの話を受け入れ、村田蔵六（後の大村益次郎＝中村梅之助）とともに薩摩の西郷隆盛の到着を待つが、西郷の急な欠席に話はこじれかける。しかし、龍馬から長州に有利な条件が提示され、薩長連合は実現した。その頃、幕府軍が長州に攻めてきたが、大村益次郎による巧みな戦法のおかげで幕府軍を討ち倒した。