慶長五年九月十五日、関ケ原の戦いで、栄達の夢を打ち砕かれ、戦争によって人生を狂わされた青年武蔵（たけぞう）の若い情熱は、野獣の如く行き場を求めてさまようのだった。落ち武者狩りの手を逃れ、すべての人と敵対する武蔵のことを、恋人のお通と平和主義者の僧・沢庵だけが理解した。そして、山に逃げ込んだ武蔵に危機が迫る。その頃、越前浄教寺村では剣の天才・佐々木小次郎が強さを求め、反対する師・富田勢源を打ち負かして村を飛び出していた。

伝説の剣豪・宮本武蔵（北大路欣也）は、「巌流島の戦い」の後、どう生きたのか。1612年（慶長17年）、巌流島で佐々木小次郎（宅麻伸）との宿命の決闘に勝利した宮本武蔵（北大路欣也）。剣に対する執着は消えることなく、新たな闘いへと旅立つ。肥前鍋島領へ向かった武蔵を待ち受けていたのは、槍の名手・又兵衛（渡辺裕之）からの挑戦だった。

会津藩家老・西郷頼母（北大路欣也）は、藩校「日新館」では指導者として少年たちの鍛錬に尽力する日々を送っていたが、藩のひっ迫した財政事情や領民の窮状に心を痛めていた。藩主・松平容保（伊藤英明）は、頼母の反対を聞かずに、京都守護職に就任し、市中取締りのため、近藤勇（梨本謙次郎）、土方歳三（岸谷五朗）が率いる浪士隊を会津藩お抱えにする。やがて孝明天皇の崩御から、大政奉還となり、幕府軍は、鳥羽・伏見の戦いで新政府軍に惨敗する。江戸へ逃れた容保は、奥羽列藩同盟が締結された東北の地で新政府軍を迎え撃つことを決意する。会津に戻った容保、頼母たちは、軍政を改めて、16、17歳の少年による「白虎隊」を結成。その中には、かつて頼母が「日新館」で教えていた、飯沼貞吉（須賀健太）、篠田儀三郎（中村蒼）、井深茂太郎（西井幸人）たちの姿があった……。

諸国剣術修行の旅から戻り、老中・田沼意次（國村隼）が催した剣術試合で七人抜きをみせて注目を集めた秋山大治郎（斎藤工）は、父である老剣客・秋山小兵衛（北大路欣也）が浅草の外れに建てた道場にひとりで住んでいた。ある夜、道場に家名は伏せるが大垣四郎兵衛（小野了）と名乗る侍が訪ねて来て、「ある人物の両腕を切り落とすのではなく、骨を叩き折っていただきたい」と頼んでくるが、相手の名も事情も言えないという怪しさゆえ、大治郎はこれを断った。その奇妙な依頼を大治郎から聞いた小兵衛が調べたところ、五千石の旗本・永井和泉守（鶴田忍）の嫡男と老中・田沼意次（國村隼）の隠し子・佐々木三冬（杏）との縁談が持ち上がっている事が分かった。女剣士の三冬が「自分の夫は、自分より剣の腕が立つ男」と公言していることから、出世のために田沼との縁続きを狙う永井和泉守が嫡男を勝たせるために三冬を狙うと考えた小兵衛は、刺客たちに襲撃された三冬を助ける。その頃、田沼の政を快く思わない御三卿のひとり、一橋治済（神保悟志）が、田沼暗殺を密かに計画していた……。

老剣客・秋山小兵衛（北大路欣也）の息子・大治郎（斎藤工）が道場主を務める秋山道場に、かつて大治郎が剣の教えを受けた嶋岡礼蔵（林隆三）が現れる。京の辻道場での兄弟子で、小兵衛とも同門の大先輩だった嶋岡は、真剣の立ち合いをするのでそれを見届けるよう、大治郎に申し出た。嶋岡は、20年前に他流試合で圧勝したものの、10年前の真剣勝負では二刻にも及ぶ睨み合いに終わり、その10年後の勝負を約束した剣士・柿本源七郎（金田明夫）との三度目の立ち合いをするために、大和から江戸へやってきたのだった……。

江戸のある夏。老剣客の秋山小兵衛（北大路欣也）は墓参りの帰りに、小川の土手下で老人（石橋蓮司）が苦しみもだえる姿を見かける。一方、小兵衛の息子・大治郎（斎藤工）は、佐々木三冬（杏）から、またしても父である老中・田沼意次（國村隼）から縁談が持ち込まれたことを打ち明けられる。以前も自分を打ち負かすほどの殿御であれば、いつでも嫁ぐと言っていた三冬は、縁談相手との立ち会いをすべきかどうか訊ねるが、大治郎の返事は煮え切らない。大治郎からそれを聞いた小兵衛は、意次から三冬の立ち会いの相手である松平美濃守の側用人・大久保兵蔵(平岳大)という人物の人品骨柄を調べて欲しいという依頼を受ける。その帰り、すれ違った三冬に「縁談を阻むには勝たねばなりません」とすごまれた小兵衛は、三冬と大治郎の想いに気づくが、妻のおはる（貫地谷しほり）からは、気づいたならなぜ意次に縁談をやめるように言わないのか、と責められる。その夜、小兵衛は友人の医者・小川宗哲（古谷一行）から薦められた、近くの横網町にある近頃評判の居酒屋「鬼熊酒屋」を訪れる。偏屈だと聞かされていた店主の熊五郎（石橋蓮司）は、先日見かけた老人だった……。

老中・田沼意次（國村隼）の娘で男装の女武芸者・佐々木三冬（杏）が寝泊まりをしている根岸の家に、ある夜、押し込みが入る。息子の大治郎（斎藤工）と御用聞きの弥七（山田純大）から事情を聞いた剣術道場主の秋山小兵衛（北大路欣也）は、また押し込みがあると予想し、三冬を警護するよう大治郎に命じる。ある日、小兵衛は大川端で、暴漢たちに痛めつけられている若侍を助ける。若侍は、小兵衛が四谷で剣術道場を開いていたときの門人・村松左馬之助（瀬川菊之丞）の息子・伊織（窪塚俊介）だった。伊織は、二ヶ月前に汁粉屋で見そめた美しい娘・お照（小林涼子）と恋仲になる。実はお照は香具師の元締・鎌屋の辰蔵（柄本明）の一人娘であった。伊織は辰蔵に命を狙われ…。

秋山大治郎（斎藤工）は、門人の飯田粂太郎（内野謙太）より、長屋の隣の部屋に住む益田忠六（金山一彦）ら三人の浪人が、人殺しの計画を立てているのを聞いたことを受け、父親の秋山小兵衛（北大路欣也）に相談をする。小兵衛が探りを入れると、浪人たちが狙っているのは、品川台町で一刀流を指南し、手裏剣の達人でもある杉原左内の娘・秀（比嘉愛未）だった。秀は、数カ月前に父親を亡くしたため道場を引き継ぎ、師範として品川台に住む町人や農夫に剣術を教えていたが、そのことをよく思わない旗本の子息である若侍三人が道場に乗り込み、秀の返り討ちにあう。これに逆恨みした侍たちは浪人を雇い、復讐を企てていたのだ。さらに、江戸の街で暗躍していた別の浪人たちからも、命を狙われているらしいとわかり、事件は混沌とした闇に包まれていく…。そんな中、小兵衛が秀の前に現れ、父親をほうふつとさせるその姿に、秀は心を許し始める。小兵衛らは浪人の襲撃計画の背後にある因縁を探りながら、秀という女剣士の中にある剣士の心を感じていく。そこには、亡き父との約束があった…。そして、若侍たちの復讐と、浪人たちの襲撃計画がじりじりと進行し、ついに秀に絶体絶命の危機が訪れる。

銭形平次（北大路欣也）は神田明神界隈でその名を知られた岡っ引き。曲ったことは大嫌いだが、情を重んじる町民の味方。愛妻お静（眞野あずさ）に見守られながら、子分のガラッ八こと八五郎（三波豊和）と共に、江戸の悪を退治する。得意技である投げ銭の技が光る。