江戸時代末期、勝小吉（松本幸四郎[二代目松本白鸚]）は直参旗本ながら無役のため、今や露天の商いで生計をたてるほどの貧乏暮らしで、自慢の息子・麟太郎（市川染五郎[十代目松本幸四郎]）の学費もまともに払えないほどだった。ある日、浪人と騒ぎを起こして問題となった小吉は責任を取って隠居し、麟太郎に家督を譲るが、蘭学の勉強を始めて成長していく麟太郎や周囲の人々のために私利私欲なく肌を脱ぎ悶着を解決していく。

土佐藩の下級武士である郷士・坂本八平（橋爪功）の次男として生まれた竜馬（市川染五郎）は、他藩よりも身分差に厳しい藩の気風を嫌い、江戸に出る。千葉貞吉（藤田まこと）の道場で剣の修行に打ち込む竜馬は、突如来航した黒船に心を奪われる。土佐に戻った竜馬は、武市半平太（沢村一樹）が旗揚げした土佐勤王党に加わるが、半平太の過激な攘夷活動には異をとなえる。そして長州藩の高杉晋作(葛山信吾)に共鳴して、土佐藩を脱藩する。江戸に戻った竜馬は幕府軍艦奉行並・勝海舟（柄本明）の「世界の中のニッポン」という考えに感銘を受け、弟子入りを決意する……。

徳川幕府は江戸の治安を守り、凶暴な悪の群れを取り締まるため、火付盗賊改方という特別警察を設けていた。この盗賊改方の長官が鬼の平蔵と謳われた長谷川平蔵である。若き頃、放蕩無頼の生活を送っていた平蔵は、世情に通じ、また腕利きの密偵を配下に置き、江戸の町を震撼させる盗賊に立ち向かっていく。

江戸で「軽業小僧」と異名を取る盗人が横行していた。火盗改めは菱屋を見張るが動きは見えず、長谷川平蔵（中村吉右衛門）は医師・玄庵（市川染五郎（現：松本幸四郎））に頼み、おまさ（梶芽衣子）を下働きとして潜入させる。おまさは菱屋でお元（余貴美子）に接触を試みる。お元は軽業小僧と目される駒止の弥太郎の引き込み女であった。境遇の似た二人は徐々に親しくなるが、肝心の情報は引き出せないでいた。そんなある日、お元が外出する。菱屋の主人・伊兵衛（羽場裕一）と密会していたのだ。番頭上がりの伊兵衛は入り婿で、女房や女主人のおりく（佐々木すみ江）に頭が上がらない毎日であった。伊兵衛はお元が引き込みだとは知らず、一緒に店を出ようと持ちかける。おまさは、一人の女性と引き込み女の間で苦悩するお元に同情するが……。

薬種問屋の山城屋に賊が入り、七百八十両が盗まれた。蔵には、かつて関東一円を荒らし回った大泥棒・傘山の弥兵衛の印である傘の絵の貼り紙が残されていた。火付盗賊改方長官の長谷川平蔵（中村吉右衛門）は、密偵・伊三次（三浦浩一）の働きにより、この盗みが弥兵衛の息子である弥太郎（市川染五郎[現：松本幸四郎]）一味の仕業で、弥太郎には尾張の大泥棒・先代の鳴海の繁蔵の娘・お糸(黒川智花)との縁談が進んでいることを知る。糸の正体と二代目鳴海の繁蔵（布施博）の悪だくみを知った平蔵は、先代傘山と先代鳴海への恩返しのために縁談をまとめようとしている元盗賊の長嶋の久五郎（松平健）に身分を隠して近付くが……。

長谷川平蔵は本所界隈を見廻り中に、若かりし頃の道場仲間で親友の岸井左馬之助、本所の無頼者・相模の彦十と再会する。左馬之助から、かつて二人が憧れた娘・おふさが嫁ぎ先を離縁され、悪御家人の御新造になっていると知らされる。彦十がその御家人の身辺を探ると、平蔵、左馬之助の青春時代の恩師に繋がる因縁と悪事が明らかになる。