密偵・小房の粂八（蟹江敬三）から、幼なじみ・稲荷の金太郎（渡辺いっけい）に「お盗め」を誘われたことを報告された火付盗賊改方長官の長谷川平蔵（中村吉右衛門）は、金太郎を泳がせて一味の盗賊を根こそぎ捕らえるため、金太郎が盗人宿として利用している大黒屋という茶屋を見張るよう、配下の小林金弥（中村又五郎）と酒井祐助（勝野洋）に命じる。二人は、大黒屋の近くの和泉屋という仏具屋の主人・忠兵衛（中村嘉葎雄）から、見張り所として二階の部屋を借り受ける。しかし、しばらくして、忠兵衛の正体が、かつて上方で名を馳せた大盗人・堂ヶ原の忠兵衛であることが判明する……。

火付盗賊改方長官の長谷川平蔵（中村吉右衛門）の役宅近くにある、平蔵と旧知の間柄の久兵衛（柳家小さん）が営む居酒屋に、謎の女が現れ、「これを、長谷川様に」「急いで」と手紙と心付けを置いていった。そこに現れた平蔵配下の同心・木村忠吾（尾美としのり）は、手紙を預かるが、飲み明かしてしまい、夜更けに平蔵に届けるはめに。平蔵は文面に目を通すと顔色を変え、忠吾を激しく叱責する。それは、深川・仙台堀にある鎌倉屋という足袋問屋に、今夜盗賊が押し入ることを密告する手紙であった。火付盗賊改方は鎌倉屋へ駆けつけたが、すでに盗賊が金を奪って姿を消した直後だった。平蔵や同心、密偵たちは女を探し、元は木更津で旅籠の女将をしていたお百（高島礼子）であることを突き止める。久兵衛から、お百が昔、平蔵が通っていた車屋という茶店に奉公に来ていた娘であることを聞かされた平蔵は、侍にはらまされ、男の子を産んだお百に、持参金を工面してやり、木更津の百姓家へ嫁に行かせたことを思い出す……。

浅草・三好町の御厩河岸にある小さな居酒屋・豆岩は、主人の岩五郎（田辺誠一）が怠け者で、女房のお勝（小林綾子）とその母・お八百（南條瑞江）が、店を切り盛りしていた。実は岩五郎は、かつては錠前外しを生業とする盗人だったが、今は火付盗賊改方長官・長谷川平蔵（中村吉右衛門）の密偵だった。ある夜、岩五郎の元へ、何十年も会っていなかった父・卯三郎（左とん平）がやってきて、大盗人の海老坂の与兵衛（田村亮）が岩五郎に会いたがっていることを告げる……。

火付盗賊改方長官の長谷川平蔵は、配下の筆頭同心・酒井祐助（勝野洋）から、三日ばかり前の夜に、妖気の漂う殺気をまとった浪人風の男に刃を向けられ、同心の木村忠吾（尾美としのり）も先夜何者かにつけられていたことを聞く。平蔵（中村吉右衛門）は、密偵の伊三次（三浦浩一）、おまさ（梶芽衣子）と共に、市中見回りを兼ねて、舟を繰り出す。舟が山谷堀に入りこんだ時、伊三次が昔遠州を根城にした盗賊・羽佐間の文蔵（吉澤健）の下で働いていた時に仲間だった江口の音吉（谷原章介）を見つける。文蔵と音吉が江戸で盗みを働くかもしれないと、平蔵がおまさに音吉をつけさせると、音吉は浅草橋の船宿で女と逢い引きをする。密偵の五郎蔵（綿引勝彦）たちの働きにより、文蔵と音吉の狙いが、武家相手に金貸しもしている源兵衛（平泉成）が営む旅籠「丹波屋」であり、音吉の逢い引きの相手が丹波屋の女将・お吉（若村麻由美）であることがわかる……。

火付盗賊改方長官の長谷川平蔵（中村吉右衛門）と配下の同心・木村忠吾（尾美としのり）が、夜道で覆面をつけた男（尾上菊之助）に襲われる。凄まじい殺気の男に追いつめられた平蔵だったが、すんでのところで一撃を浴びせると、男は逃げ去った。翌日、平蔵は、筆頭同心の酒井祐助（勝野洋）たちに、男の剣の構えが、その昔、剣の修行をしていた若い頃に、常陸国牛久沼のほとりで立ち合った剣客（田中泯）の刀法「雲竜剣」と寸分違わぬことを話す。その時、平蔵宅の門前に男が現れ、門番を斬り殺して、立ち去る。男の行方が知れぬ中、牛込若松町の薬種屋「長崎屋」に凶賊が押し入り、家族と奉公人あわせて16名を皆殺しにするという凶悪な事件が起こる……。