飛脚問屋の弁蔵（松山ケンイチ）と宗次（早乙女太一）、彼らの裏の顔は「脅さず殺さず汚え金を根こそぎいただく」が掟の盗賊"赤目"の一味。ある日、赤目の頭・辰五郎（國村隼）が突然の病に倒れる。辰五郎は弁蔵と宗次の手を握り「赤目のことはまかせた…」と言い残し息を引き取った。ところが、辰五郎の妻・おこん（菜々緒）が預かった遺言状には辰五郎の筆跡で「赤目のこと甚三郎にまかせる」と記されていた。甚三郎（成宮寛貴）を信用できず、納得のいかない二人は、赤目の名を捨てて旅に出る。辰五郎の遺志を引き継いだ、二人の一味を作るために…。

明るく猪突猛進な主人公・弁蔵（松山ケンイチ）とその相方、冷静沈着で頭脳明晰な宗次（早乙女太一）は、江戸の盗人たちを銭と恐怖で強引にまとめていた"赤目"一味を壊滅させ、見事ふたがしらの盗賊一味"壱師"を築いた。だが"赤目"無き江戸は小さな一味が群雄割拠し、盗人戦国時代となってしまった。外道盗人が横行する中、弁蔵と宗次は「脅さず殺さず汚ねえ金を根こそぎいただく」が信条の"壱師"のふたがしらとして、江戸の頂点を目指す！

都内で、刃物で斬られた跡があるにもかかわらず、血が一切出ていない奇妙な死体が発見された。タブロイド誌の若手記者・三條美緒（深川麻衣）は事件を追い取材を行う中で、死体から湧き出る「黒い灰」を目撃する。「黒い灰」が見えることに混乱する美緒だったが、彼女以外にも「黒い灰」を見つめている２人組の男がいた。彼らの名は、御沙神駆（早乙女太一）と五百津翔（遠藤雄弥）。彼らは、人の心に溜まった闇が作り出す「穢刃」を封印するために活動する、“封刃師”と呼ばれる者たちだった。

大名・目良家が支配する国で、浪人・真中十兵衛（古田新太）は美山輝親（池田成志）の巻き起こしたトラブルにより、子分二人をヤクザに人質にされてしまった！問題を起こした輝親を追う中、目良家から逃げ出した正室・紗々姫と遭遇した十兵衛は、紗々姫を実家まで送り届けることに。果たして十兵衛は、姫を狙う目良家の権力者・嵐蔵院（高田聖子）や侍大将の飛沢莉左衛門（早乙女太一）たちの魔の手から彼女を守り切ることができるのか？