江戸幕府が地方の弱小藩を壊滅すべく放った公儀隠密“影”。それに対して、幕府に狙われた藩に多額の金で雇われる“影”専門の殺し屋、室戸十兵衛（石原裕次郎）、日光（内田良平）、月光（成田三樹夫）の３人、その名も“影狩り”がいた。彼らは自分らの藩を幕府によって取り潰され、放浪の身となった怒りと怨念を“影”抹殺へと向けていたのだ。

３年前に訪れた蓮華沢の里へやってきた市（勝新太郎）だったが、そこはやくざ・小仏の政五郎（米倉斉加年）に牛耳られ、荒れ果てていた。かつて里を束ねていた兵六（嵐寛寿郎）も落ちぶれて、政五郎を勘当した父親である生糸問屋の烏帽子屋弥助（滝沢修）に地蔵を彫らされていた。飲み屋の女将・梅乃（若尾文子）は昔、市の手を引いてくれた優しい生娘だったが、両親を失って政五郎の女になり、弥助の世話をしている。父親が隠している金の延べ棒を探している政五郎は、弥助に雇われた市を斬るように用心棒の浪人・佐々大作（三船敏郎）に頼むが、佐々と市は意気投合してしまう。佐々の正体は公金横領を探る公儀隠密だった。座頭市が里へ来たその夜に、里の按摩が殺されていた。按摩の正体も公儀隠密で、弥助の次男で江戸で武家の養子になっていた三右衛門（細川俊之）が横領して弥助に送っていた金の証拠を探っていたのだ。江戸から九頭竜（岸田森）という殺し屋がやってくる。弥助に預けた大量の金が政五郎に狙われていると知った三右衛門が雇った男だった。焦った政五郎は烏帽子屋の蔵に放火するが金は出てこなかった。九頭竜は、弥助と裏で繋がっていた八州見廻りの脇屋陣三郎（神山繁）を斬り殺す。九頭竜もまた公儀隠密だった。幕府に追われた三右衛門が里へ逃げて帰ってきた翌朝、ついに小仏一家と弥助一家の乱闘が始まった。果てしない争いの中、ついに市と佐々の対決となる……。

初舞台をひかえて江戸にやってきた雪之丞一座。座長雪之丞（美空ひばり）は舞台初お目見えで客の中に父母の仇、土部三斎の姿を見つける。雪之丞は知らぬふりで三斎たちに近づき復讐の機会をねらったが…。

十代将軍・徳川家治の側用人として重商主義を貫く田沼意次（森繁久彌）。そんな彼に強烈に敵対するのが白河藩主・松平定信（村井国夫）だった。御家人・青山信二郎（北大路欣也）に辛辣な田沼批判の戯文を書かせて世論を煽ろうとするが、そんな行為に咎めを下さなかった田沼の人柄に青山は惚れ込んでしまう。また、反田沼派の勘定吟味役・河井保之助（竹脇無我）もいつしか、田沼が推し進める印旛沼干拓計画に魅せられて…。