――幕末の侍が時代劇撮影所にタイムスリップ！？時は幕末、京の夜。会津藩士高坂新左衛門は暗闇に身を潜めていた。「長州藩士を討て」と家老じきじきの密命である。名乗り合い両者が刃を交えた刹那、落雷が轟いた。やがて眼を覚ますと、そこは現代の時代劇撮影所。新左衛門は行く先々で騒ぎを起こしながら、守ろうとした江戸幕府がとうの昔に滅んだと知り愕然となる。一度は死を覚悟したものの心優しい人々に助けられ、少しずつ元気を取り戻していく。やがて「我が身を立てられるのはこれのみ」と刀を握り締め、新左衛門は磨き上げた剣の腕だけを頼りに「斬られ役」として生きていくため撮影所の門を叩くのであった。

未来に存在するタイムスクープ社。タイムワープ技術を駆使し、あらゆる時代に時空ジャーナリストを派遣。人間の営みを映像で記録アーカイブしている。その会社に所属する沢嶋雄一（要潤）は、「タイムスクープハンター」として活躍し、毎回さまざまな職業や現象を調査している。今回の任務は、日本歴史上最大のミステリー、「織田信長の城・安土城焼失の謎を追え！」。本能寺の変直後の京都にタイムワープした沢嶋が、織田信長の天下統一の拠点となりながらも、完成からわずか3年で焼失したとされる幻の名城・安土城の謎を解き明かす。

幕末から突如、現代へタイムスリップしてやってきた、ちょんまげのサムライ、武市半平太。いきなり、150年後の世界に放り出され、あてもなくさまよい続ける半平太だったが、ひょんなことから学習塾を営む老人・佐伯に助けられ居候することに。文武両道、実直な人柄を見込まれた半平太は、佐伯の学習塾で子どもたちに勉強を教え始める。幕末と現代のカルチャーギャップと、天真爛漫な子どもたちに手を焼きながらも、やがて心を通わせてゆく。幕末に残してきた愛する妻・冨や、弟子たちへの思いに後ろ髪引かれつつ、なんとか現代の生活になじんできたある日、楢崎海太郎と名乗るジャーナリストが半平太を訪ねてやってくる。実は楢崎の正体は・・・？！