目明しの父を持つ平次（大川橋蔵）は、親の跡目も継がず鳶職の政五郎の所で働いていた。政五郎は平次の仕事ぶりを高く買い、ゆくゆくは娘のお静（水野久美）と一緒にして、家を継がそうと考えていた。ある夜、政五郎が水商売らしい女と水死体になって薬研堀に浮かんだ。目明しの万七はこの仏を無理心中事件として片付けようとしたが、親ゆずりの勘の鋭い平次は、心中を装った他殺と睨む。北町奉行所与力･笹野新三郎（大友柳太朗）は、平次の父から預かっていた十手捕縄を平次に渡し、政五郎殺しの捜査を命じた。平次は材木問屋公儀御作事万棟梁の上州屋に会い、“千里の虎”と名乗る謎の男に商売を邪魔されたため、その正体を政五郎に探らせていた事を知る。その帰り道、平次は松崎一角らの無気味な一団に襲われるが、編笠の浪人･立花数馬（舟木一夫）に救われた。大番屋に戻った平次は、例の女の死体からおみくじを見つけて事件解決の糸口と睨む…。

円太（横山エンタツ）と弥八（杉狂児）を供に奥州を旅する直参旗本・早乙女主水之介（市川右太衛門）は、伊達藩領内の白川郷に入る。庄屋の娘・お妙（大川恵子）が名取権現に人身御供に出されるところに遭遇した主水之介は、お妙を助けんと名取権現へ向かう。すんでのところでお妙はさらわれるが、伊達家の紋所の付いた印籠を拾った主水之介を、忍者一味が襲う。一味を追い払った主水之介は、江戸在府のころから行状にとかくの噂のある伊達藩主・忠宗（片岡千恵蔵）を事件の黒幕とにらみ、逗留先の呉服商江戸屋別宅で合流した妹の菊路（櫻町弘子）、揚羽の蝶次（中村錦之助）たちと供に事件の真相を探り始める……。

常陸の国。水戸光圀（東野英治郎）が住む西山荘の近くで、二人の侍が大勢の武士たちに襲われていた。二人は炭焼小屋に逃げ込むが、火矢が打ち込まれて炎上する。燃え盛る小屋の中から、風車の弥七（中谷一郎）が一人の若侍（栗原小巻）を救いだし、西山荘に運び込む。若侍は女だった。その女は、光圀に「加賀百万石の領民のために、加賀へお越しください」と必死に訴える。女の身でありながら命がけで水戸までやってきたのは、加賀藩前田家城代家老・奥村作左衛門（三船敏郎）の息女・由美だった。加賀藩では、次席家老の村井主水（安部徹）が、自分の妹で、藩主・前田綱紀（武内享）の側室である百合の方（鮎川いづみ）の子・松千代を立て、正室の嫡男を廃し、加賀百万石を乗っ取ろうと企んでいた。加賀藩での容易ならざる事態を察した光圀は、加賀への旅立ちを決意する。