大菩薩峠の頂上。机竜之助（市川雷蔵）は、居合わせた年老いた巡礼を一刀のもとに斬り捨てた。祖父の死に驚いたお松（山本富士子）は、怪盗・裏宿の七兵衛（見明凡太朗）に助けられ、江戸へ向かう。一方、竜之助は、御嶽山の奉納試合の相手・字津木文之丞の許嫁・お浜（中村玉緒）から、勝ちを譲るよう頼まれるが、これを断り、試合の中で文之丞を斬り倒す。そして水車小屋で悲嘆に暮れるお浜の操を奪った竜之助は、お浜を妻として共に江戸へ向かう。江戸で竜之助は新徴組に出入りし、近藤勇（菅原謙二）、芹沢鴨（根上淳）、土方歳三（千葉敏郎）らと知り合う。文之丞の訃報を知った弟の兵馬（本郷功次郎）は、竜之助の妖剣を討つべく、剣聖・島田虎之助（島田正吾）に学ぼうと江戸へ向かうが、お松と出会い、恋に落ちる。兵馬は竜之助の行方を突き止め、果たし状を送りつける。兵馬に討たれてくれと竜之助に頼むがお浜だったが、竜之助はお浜を斬り、江戸を後にして京都へ入る。途中、お浜そっくりのお豊（中村玉緒）を助けた竜之助は、芹沢をたよって新選組に入り、兵馬もまた近藤の世話で新選組入りする…。

机竜之助（市川雷蔵）は京の島原で宇津木兵馬（本郷功次郎）と対決するが、靄の中で両者とも互いを見失ってしまう。怪盗・裏宿の七兵衛（見明凡太朗）は島原にいるお松（山本富士子）の身請に向かう途中、負傷した兵馬と出会い、共にお松のいる木津屋を訪れる。七兵衛はつい先刻まで兵馬が戦っていた相手こそ、お松の祖父を斬った浪人であることを伝える。仇が同じ竜之助であることから、激しい復讐の念を燃やす兵馬とお松。兵馬は新選組を抜け、3人は竜之助の後を追う。竜之助はふとしたきっかけから丹後屋敷に逗留していたが、江戸へ向かい、上野の旅籠で浪人・酒井新兵衛(小堀阿吉雄)と出会う。酒井の引き合わせによって天誅組の総裁・松本奎堂（羅門光三郎）と行動を共にすることとなるが、天誅組は大敗を喫し、藤堂藩、彦根藩などに追われるようになった。その最中、竜之助は、追手が投げ込んだ爆薬のため失明し竜神の森に逃げ込み、そこでお豊（中村玉緒）と再会する。お豊は金蔵（片山明彦）に無理やり夫婦にさせられ、室町屋という旅籠を営んでいた。そしてその旅籠に兵馬が草鞋を脱いだ……。

竜神の滝近くにそそりたつ断崖で刃を交える机竜之助（市川雷蔵）と宇津木兵馬（本郷功次郎）。盲目の竜之助は断崖から落下するが、お豊（中村玉緒）に助けられる。お豊はやがて廓に身を沈めた後、病に侵され自害して果てるが、竜之助はそんなお豊の死に対して、少しの動揺も見せなかった。東海道を東へ向かう竜之助は道中、生け花の師匠・お絹（阿井美千子）と出会う。お絹は道中師・がんりきの百（小林勝彦）に狙われており、竜之助は百の右腕を斬り落すが、誤って谷底へ転落してしまう。竜之助はお徳（矢島ひろ子）によって助けられ、お徳から甲府勤番の旗本・神尾主膳（島田竜三）の強引なゆすりの話を聞き、主膳の宿へ乗り込むが捕縛され、逆に幽閉されてしまう。ある夜、主膳は色と欲から有野村の馬大尽の一人娘・お銀（中村玉緒）に迫るが、お銀は竜之助に助けを求めた。お銀の顔にはむごたらしい火傷の後があった。だがその声に、お豊、お浜の面影を感じた竜之助はお銀を連れて大菩薩峠に舞い戻る。豪雨で笛吹川が氾濫を起こす中、竜之助はお浜との間に出来た息子・郁太郎を求めてさまよう。そして竜之助の噂を聞きつけた兵馬もまた大菩薩峠へ向かう。決着の時が近づいていた……。