円太（横山エンタツ）と弥八（杉狂児）を供に奥州を旅する直参旗本・早乙女主水之介（市川右太衛門）は、伊達藩領内の白川郷に入る。庄屋の娘・お妙（大川恵子）が名取権現に人身御供に出されるところに遭遇した主水之介は、お妙を助けんと名取権現へ向かう。すんでのところでお妙はさらわれるが、伊達家の紋所の付いた印籠を拾った主水之介を、忍者一味が襲う。一味を追い払った主水之介は、江戸在府のころから行状にとかくの噂のある伊達藩主・忠宗（片岡千恵蔵）を事件の黒幕とにらみ、逗留先の呉服商江戸屋別宅で合流した妹の菊路（櫻町弘子）、揚羽の蝶次（中村錦之助）たちと供に事件の真相を探り始める……。

用人・笹尾喜内（堺正章）が止めるのも聞かず、単身長崎の地へ足を踏み入れた主水之介は、旧知の長崎奉行所同心・金子周助（左右田一平）の娘・絹江（古手川祐子）と出会う。周助が公金横領の罪で捕えられているらしいとの情報を得た主水之介は奉行所へ乗り込もうとするが、江戸から来た勘定奉行・荻原重泰（亀石征一郎）が主水之介の行動を阻もうとする。

青年公卿・飛鳥井大納言時光は幕府の朝廷冷遇に反感を抱いていた。柳生武芸帳の真の姿が幕府の暗殺指令書であることを知る。時光は武芸帳を入手して柳生家の素性を暴くことを決意する。一方、柳生の危機を察知して武芸帳を探す十兵衛の前に、宿敵・疋田陰流の山田浮月斉が立ちはだかる。時光の命を受けた浮月斉は「寒夜に霜を聞く太刀」で十兵衛の刀を折った。武芸帳を入手した時光は将軍家光に朝廷優遇を確約させる。さらに、打倒柳生に燃える浮月斉は十兵衛に真剣勝負を挑む。

家康の江戸開幕から20有余年、徳川永久政権を確立できるか否かの重要な時期に、三代将軍・家光は無事将軍宣下の儀式を終え門出を迎えた。そんな折りに、江戸城大広間に一枚の紙が張り出された。“武芸帳の秘密が公になれば、葵も一夜にして枯れる”……。たちまち武芸帳こと柳生武芸帳に幕府の存亡にかかわる陰謀が隠されているとの噂が流れた。そして、武芸帳を狙う謎の一団と柳生家の戦いの幕が切って落とされる──。

徳川幕府は江戸の治安を守り、凶悪な悪の群れを取り締まるため、火付盗賊改方という特別警察を設けていた。この盗賊改方の長官が鬼の平蔵と謳われた長谷川平蔵である。若き頃、放蕩無頼の生活を送っていた平蔵は、世情に通じ、また腕利きの密偵を配下に置き、江戸の町を震撼させる盗賊に立ち向かっていく。

火付盗賊改方の同心・小野十蔵は、盗賊・助次郎の探索中、女房おふじが、助次郎を殺した現場に遭遇する。身重のおふじに同情した十蔵は、助次郎の死体を隠しておふじをかくまう。そのころ助次郎も加わっていた盗賊の頭・野槌の弥平を追っていた火付盗賊改方は、一味の小房の粂八を捕縛する。すると、ほどなく一味の小川や梅吉が十蔵を呼び出し、おふじを攫ったと告げる。おふじを救いたければ粂八を牢から逃がせと脅しをかけて来る。