天保年間の江戸では、北町奉行・遠山金四郎（柴田恭兵）が、老中首座・水野忠邦の威光をかさに庶民を苦しめる南町奉行・鳥居耀蔵（片岡鶴太郎）と激しく対立していた。北町奉行所に務める町人出身の吟味方与力・藤堂逸馬（福士誠治）は、弱い者苛めや曲がったことが大嫌い。そんな熱い正義感から、幼馴染みの親友で評定所物調役勤めの武田信三郎（斎藤工）と共に、どんな巨悪にでも立ち向かっていく……。

元亀3年(1572年)、京の都に向け出兵した信玄は病魔に侵されていた。行く手には三河の徳川家康、絶大な勢力を誇る尾張の織田信長が待ち構えていた。三方ヶ原の戦に家康を撃ち破ったものの、その頃には最早信玄の病状では戦を続けながら上洛することなどとても不可能となっていた。無念のうちに帰国する信玄は自ら死期を悟るのであった。

1835年、福沢諭吉（柴田恭兵）は豊前・中津藩の下級武士の家に生まれた。同じ年に生まれた家老の息子・奥平外記（榎木孝明）とは生涯のライバルとなるが、下士としていわれなき差別を受けたこの少年の頃の体験は、後の諭吉に大きな影響を与えた。奥平とともに長崎に留学した諭吉はメキメキと頭角をあらわし、さらに蘭学を学ぶため大阪へ。そして、ついに諭吉は江戸で蘭学塾の塾長となり、妻となるお錦（若村麻由美）に出会う。が、時代は混乱の真っ只中へと突き進んで行った。

江戸は新宿。天然理心流を掲げる試衛館道場は、主の近藤周斎（三船敏郎）とその養子・勇（若林豪）、土方歳三（柴田恭兵）ら凄腕の剣客が揃っていることで評判になっていた。中でも、沖田総司（田原俊彦）はわずか20歳で免許皆伝とされ、天才の呼び声が高い。ある日、近藤勇と土方は道場の食費の足しとして懸賞金を得るため、沖田を連れて強盗を捕まえに町へ出る。しかし、ケンカ慣れしていなかった沖田は強盗の一人を斬り殺してしまい…。