昔、夜兎の角右衛門（中村梅雀）という大盗賊がいた。金持ちは世の中から金銭を奪って私腹を肥やしている。その金と力のあるやつらから盗み取るということは単に盗み返すだけのことだから悪いことではない――。そんな盗人にも三分の理があるという理屈で、お務めならぬ"お盗め"と称して盗賊を続ける角右衛門だった。その角右衛門には、先代・夜兎の角五郎（中村敦夫）から受け継ぎ、自分とその一味に厳しく課す三つの掟があった。この夜兎の掟を守ってきた角右衛門は、一度もお縄をかけられたことがない。それ故、先代同様に畳の上で往生できるものと思っていた。ある日、町で拾った大金を落とし主に返す女乞食・おこう（荻野目慶子）の姿に心打たれた角右衛門は、料理屋でおこうに鰻をふるまう。おこうには片腕がなかった。聞けば、七年前に奉公していた駿河の紙問屋で、押し入った盗賊の手下のひとりに斬り落とされたという。角右衛門はわが耳を疑った。あのお盗めはまさに角右衛門らの仕業だったが、その際、手下の綱六が鉄の掟を破り、なんの罪もないおこうの右腕を斬り落としていたのだ。角右衛門は盗人の面よごしになったとして、一味を解散し、特別警察ともいうべき火付盗賊改方へ名乗り出ることを決意する…。果たして、大盗賊の掟を破った角右衛門の人生の結末は…。

悪名高き盗賊"洲走(すばしり)の熊五郎"を追い詰めた火付盗賊改方。手先として活躍していた岡っ引の政蔵はしかし、熊五郎の手にかかり命を落としてしまう。その混乱の中で火付盗賊改方は熊五郎を捕り逃がす。四年後。亡き政蔵の女房・お延（寺島しのぶ）は、小さな茶店を営みながら、女手ひとつで一人息子の由松を育てていた。ある日、お延は店先で突然の病に倒れた、旅商人の信太郎（小澤征悦）と名乗る男を助ける。二人はやがて惚れ合い、所帯を持つ約束を交わす関係になる。信太郎は数日後に必ず戻ると言い残して商いの旅に出るが、その直後、お延は火付盗賊改方に渡された熊五郎の手配書を見て驚愕する。熊五郎の人相は、信太郎と瓜二つだった・・・。

本所・枕橋の小さな蕎麦屋「さなだや」の主・庄兵衛（柄本明）は、毎年正月四日のみ、信州の「さなだ蕎麦」だけを客に出すことにしていた。しかし、ねずみ大根の汁を合わせたこの蕎麦が舌がひんまがるほど辛いことを知る客は誰も店を訪れなかった。寛政三年正月四日。ふらりと店に入ってきたひとりの男（松平健）が、「さなだ蕎麦」の味を懐かしみ、正月四日にしか味わえないことを知ると、「来年また来る」とだけ告げて去っていった。翌年から毎年四日にだけ男はやってきた。そんなある日、庄兵衛は店を訪れた御用聞きの清蔵（益岡徹）から、腕に刺青のある盗賊の話を聞き、一抹の疑念が胸をよぎる。そして迎えた寛政七年正月四日……。

時は宝暦の江戸。盗賊・桑飼の弥右衛門一党の駒吉（高橋光臣）と松蔵（加治将樹）は、仲間に裏切られて命を狙われ、上方に逃亡した末、「これからは、赤の他人。どこか道で行き会っても知らない者同士」と約束し、追分で右と左にきっぱり別れる。それから35年が経った寛政3年2月。小間物屋の井筒屋徳兵衛（橋爪功）と名を変えた駒吉は、江戸・深川で年の離れた女房のおもん（若村麻由美）と堅気として平穏な日々を送っていた。そんなある日、駒吉は松蔵（國村隼）と再会する。お互いに今の身の上を隠したまま、酒を酌み交わし、昔話をするうち、松蔵が「井筒屋の主人の徳兵衛を殺してくれと頼まれている」と語る……。

腕利きで人柄も良いと評判の大工・伊之松（片岡愛之助）は、おりつ（前田亜季）という女房をもらって数年になる。そんな伊之松に心底惚れ抜いているおりつは、日夜を問わず伊之松に尽くすことだけに生きがいを感じていた。しかし、実は伊之松にとっておりつは四度目の女房だった。彼の正体は「赤池の綱右衛門一党」に属する盗賊だったのだ。大工として商家の普請場に潜り込み、盗みに入るための細工を施すのが一党における伊之松のいつもの役割だ。女房はいわば世間の目を欺くための道具に過ぎない。そして今回も、盗みの決行時期を知らせる命令が伊之松に下る。ある朝おりつが目覚めると、そこに伊之松の姿はなかった。ただ、代わりに「おりつをきらって去るのじゃない」と走り書きが残されていた…。数年の時が流れた。伊之松の帰りを信じて待ち続けるおりつは、自分と同じ孤独な身の上の女性・おこうを懸命に世話することで何とか自分を保ちながら暮らしている。一方伊之松は、次なる盗みのための五度目の夫婦生活を送っているが、時が経つほどにその心の中ではおりつへの思いが募っていく。しかし、以前に関わった人間に接触を持つことは、盗賊の鉄の掟に反することなのだった…。

一人の老いた渡世人・白須賀の源七（中村梅雀)は、奇妙な運命の糸に手繰られるように、信州小諸の首ふり坂へ向かっていた。遡ること27年、若き日の源七(馬場徹)は兄弟分の藪塚の半蔵(金井勇太)と共に、ある貸元から敵対する前坂一家の親分殺しを請け負ったが、負傷してしまい髪結い・おふみ(芦名星)に助けられる。源七がおふみの家に転がり込んで数か月後、半蔵が殺しの分け前を持って現れるが、親分の仇を討とうとする前坂一家の行田の甚五郎（小市慢太郎）を筆頭に、刺客も迫っていた。源七は自分の子を宿したおふみを残して半蔵と姿を消す。それから25年後、年老いてもなお殺しを請負ながら諸国を渡り歩いていた源七は、信州追分で若い渡世人・白井の彦太郎(中尾明慶)と出会い、竹原一家の親分(矢島健一)殺しを二人で請け負うことになるが、源七は出入りの途中で躰の具合が悪くなり、竹原の親分に傷を負わせただけで仕損じてしまう。源七たちは竹原一家の追手を振り切るも道中で行倒れていたところを、小諸宿で饂飩(うどん)屋を営む茂兵衛(泉谷しげる)と孫娘に助けられる。この日を境に源七は堅気の世界に身を置く事になるが、つかの間の幸せは長くは続くことはなかった。竹原親分の仕返しの命を受けた刺客、橋羽の万次郎(三浦貴大）と昔兄弟分だった藪塚の半蔵（大杉漣）が源七と彦太郎の命を狙っていたのだった。

暗い過去を抱え、長く放浪の身であった浪人・木村十蔵（松平健）は、流れ着いた江戸の地で女房・子供を得て、表向きは剣術指南を生業としている。が、裏では金で殺しを請け負う「仕掛人」という家族に知られてはいけない顔を持っていた。いずれは江戸を離れて家族との平穏な日常を、と望む十蔵にある日、香具師の元締・暗闇坂の久五郎（火野正平）から新たな仕掛けの依頼が入る。「悪の中でも極悪の者だけを斬る」ことを信条とする十蔵は、仕掛ける相手が市井の商人の仏具屋・八幡屋和助（石黒賢）であることに違和感を覚えつつも、一度受けたら断ることの許されない仕事を受ける。一方、その頃十蔵は自らの趣味である絵描きを通じてある男との交流を深めるようになるのだが、実はその男こそが殺しを請け負った標的である和助であることを知る。和助の裏の顔は極悪な盗賊の頭である、と元締から聞かされてもなお、斬ることを躊躇う十蔵。しかも和助と自らの過去の間には、深い因縁までもがあると分かり…。闇の世界の掟と、絵筆が結んだ数奇な縁の間で葛藤する中で、やがて訪れる決断の時、十蔵を待ち受ける運命とは。