前作から時は流れて10年後、青江又八郎（村上弘明）は藩の要職につき、妻・由亀（清水美砂）と息子・松三郎（長谷川宙）とともに平穏な日々を過ごしていた。ある日、又八郎は、藩の不正を探っていたひん死の公儀隠密から謎の絵図面を託される。不正の首謀者・筆頭家老の坂井主悦は配下の石森左門（近藤正臣）に命じて「嗅足(かぎあし)組」に又八郎を襲わせ、ついに由亀が殺されてしまう。又八郎は、三たび脱藩、松三郎を国元に残して江戸へ逃れ、またもや、相模屋吉蔵（坂上二郎）口利きの用心棒稼業で凌ぐこととなる。そして、かつて想いを寄せ合った佐知（黒木瞳）と再会することになるが、佐知は斬りかかってきた……。

桜の花がほころび始めた春の頃、清左衛門は生まれたばかりの孫とのふれあいを何よりの楽しみとして、穏やかな日々を過ごしていた。ある日、清左衛門を訪ねてきた江戸詰めの近習頭取から、十年前に御納戸頭・半田守右衛門が起こした収賄事件が、実は濡れ衣だった可能性があると聞かされる。さらに、頼まれて半田の行状を調べていくうちに、思いもよらぬ事実を知ることになる。同じ頃、かつての道場仲間で、過去の失態により不遇のまま隠居となった清成権兵衛と再会する。清成の誘いで道場の同輩・植田与十郎も交えて酒を酌み交わし、剣の手合わせをして旧交を温めるがその矢先、藩内の派閥争いを根とする事件が起こり…。家族と共に生きる悦び、旧友たちとの思い出、そして彼らが抱える複雑な思いなど、清左衛門の心の中を様々なものが去来していく。「日残リテ昏ルルニ未ダ遠シ―」

孫の成長に喜びを感じながら、平穏な日々を送っていた清左衛門。ある日、墓地へ向かう葬列に一人の百姓が割って入り暴挙を働くのを目にする。その百姓は、20年前、清左衛門の前で殿へ何事かを直訴しようとしたものの事ならず、武士をやめた赤松東兵衛の姿だった。さらにその葬列の亡骸が、大関助太夫の養子となっていた赤松の実子であり、数日前に城内で起きた刃傷沙汰で斬殺されたことを知る。事件が不自然な形で片付けられようとしていることを不審に思った清左衛門が、20年前の一件との関わりを調べようと動き出した矢先、新たな悲劇が起きて…。不条理な死の連鎖に憤怒する清左衛門が、盟友・佐伯熊太や里江の幼なじみでもある青年剣士・鶴谷亥八郎の助力を得ながら悪の根源を暴くために奔走。やがて明らかになる闇の正体とは―。「日残リテ昏ルルニ未ダ遠シ―」

逢魔(おうま)が刻(とき)それは、黄昏―。人の顔は闇に溶け、静けさが街を支配する一瞬の時間。江戸時代、人々は、魑魅魍魎が蠢(うごめ)くと言われるその時刻を畏れをもって迎えた・・・初秋の頃、江戸・深川。闇の世界で日々の糧を得る佐之助は、行きつけの酒亭おかめで、謎の男・伊兵衛と出会う。「儲け話があるんですよ。一口、乗っちゃくれませんか」危険な匂いを感じ、席を蹴る佐之助。同じ頃、ふとしたきっかけでおくみという女と暮らすことに・・・。彼女との未来に仄かな希望を抱く佐之助は、やがて伊兵衛の誘いに乗る。しかし、仲間となる男たちは、浪人、若旦那、白髪の老人―いつもおかめで顔を合わせながら、口を聞いたこともない男たちだった・・・佐之助らいずれも押し込みなどしたことがない素人四人。そして、伊兵衛。―狙うのは、逢魔が刻、さる商家に眠る七百両。回りだす闇の歯車。しかし―それぞれを取り巻く女たちをも巻き込んで、彼らの人生の歯車は静かに狂い始める・・・。

壺振り師の弥平は、親分を裏切ったほとぼりを冷まそうとしばらく江戸を離れていた。しかし老境に差しかかり、住み慣れた土地への郷愁にかられ、決死の覚悟で再び江戸へと橋を渡った。　江戸に舞い戻ったその日、弥平はとある女郎屋の前で、夕焼けを眺めるおさよという女と出会う。おさよは小間物屋を開いた夫の借金の形として自ら身を売った女だった。亡くした女房とどこか重なるおさよが気になった弥平は、後日、おさよの夫と子供が暮らすという長屋を訪ねる。だが、そこで見たのは、働きもせず博打に明け暮れる不実な夫の姿だった。

裏店の長屋で筆づくりの内職をして糊口をしのぐ浪人・小谷善左エ門（中村梅雀）は、同じ長屋に住む船頭の吉蔵（柄本佑）から、一緒に暮らすお峯（安藤サクラ）の様子を見張るように頼まれていた。元は船宿の女将と抱え船頭だった2人は、密通のうえ駆け落ちしてここで隠れるように暮らし始めたものの、やがてお峯は退屈な日々に虚しさを感じ始める。気晴らしのため川向こうへと架かる橋を渡ってみたい…との思いに駆られるお峯と、居場所が露見することを危惧して「橋を渡るな」と厳命する吉蔵。すきま風が吹き始めた2人の様子を、善左エ門はかつての自分と、自らの手に掛けてしまった妻の姿に重ねあわせて見守っていたのだが…。覚悟を決めたお峯、暴走する吉蔵、心の叫びを上げる善左エ門。橋の袂で3人の切ない想いが交錯する。